Com o objetivo de facilitar a localização dos documentos que se encontram sob a guarda do Arquivo Nacional, referentes a Secretaria de Estado e Negócios da Marinha e suas instâncias na estrutura administrativa naval no XIX, foram criados três fundos documentais. Esses fundos foram organizados segundo a orientação encontrada na obra História Administrativa do Brasil¹ de Herick Marques de Caminha porém, sem perder de vista as orientações da cronologia tradicional da História do Brasil. A Secretaria de Estado e Negócios da Marinha passou por modificações em sua estrutura organizacional ao longo da história da formação administrativa do Estado brasileiro, tornando-se , no decorrer do processo, mais complexa, suscitando a seguinte organização:
O fundo I está inscrito no período colonial brasileiro, especificamente entre 28 de julho de 1736, com a criação da Secretaria de Estado e Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos em Portugal, e 07 de setembro de 1822. Contempla esse fundo os episódios marcantes como a chegada da Família Real Portuguesa em 1808 - quando a referida Secretaria de Estado foi transferida para o Brasil - a elevação do Estado do Brasil a condição de Reino Unido de Portugal em 1815, e sua emancipação política em relação a Portugal em 1822. Episódios que provocam mudanças significativas na organização administrativa da Secretária.
O fundo II abrange o período imperial brasileiro, inicia com a Independência do Brasil em 07 de setembro de 1822 estendendo-se até a Proclamação da República em 15 de novembro de 1889. Nesse fundo são contemplados episódios como guerras de Independência, as revoltas regenciais, os conflitos na região do Prata que culminaram na Guerra da Tríplice Aliança contra o Paraguai e a própria Proclamação da República. Eventos que fazem parte do processo histórico brasileiro sobretudo, remontam a participação da Marinha Imperial brasileira na formação e consolidação do Estado brasileiro.
O Fundo III corresponde a parte do periodo republicano brasileira, que se inicia com a proclamação em 15 de setembro de 1889, e se estente até a extinção da Secretaria de Estado e Negócios da Marinha em 1907.
A Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos foi estabelecida com a nomeação do Ministro e Secretário de Estado, D. João Rodrigues de Sá e Melo Meneses e Souto Maior, o Visconde de Anadia, pelo Decreto de 11 de março de 1808. Este ato, publicado na Coleção das Leis do Brasil, nomeava d. Fernando José de Portugal ministro e secretário dos Negócios do Brasil e da Fazenda e, conforme o aposto ao texto, por decretos da mesma data foram designados os ministros e secretários dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos, o visconde de Anadia, e dos Negócios Estrangeiros e da Guerra, d. Rodrigo de Souza Coutinho, conde de Linhares.
Em Portugal, a expressão “secretário de Estado” apareceu durante o período da dominação espanhola, denominando um oficial que tinha ampla jurisdição nos assuntos de governo. No entanto, os secretários tiveram origem no período medieval e aparecem no Regimento do Conselho de Estado de 8 de setembro de 1569 como destinados ao registro de matérias especializadas, como assuntos do Reino, Mercês, Fazenda e Negócios da Repartição da Índia. Nesse momento, eles assumiram o papel de ligação entre o rei e os conselhos então existentes, e até o século XVIII seu número e sua área de atuação sofreram várias mudanças (CARDIM, 2002, p. 35; HESPANHA, 1994, p. 245).
O reinado de d. João V (1707-1750) foi marcado pelo esforço em aumentar a centralização das decisões políticas e, conseqüentemente, garantir maior agilidade. O resultado deste processo foi a ampla reorganização da administração central portuguesa e de seus órgãos, tendo as secretarias de Estado se estruturado segundo a natureza das matérias sob sua jurisdição. A Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos, também chamada de Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Conquistas, ou Marinha e Ultramar, ou ainda, apenas Marinha, foi criada pelo alvará de 28 de julho de 1736, juntamente com a Secretaria de Estado dos Negócios do Reino e a Secretaria de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra. Posteriormente, este processo foi complementado com a instalação do Erário Régio, em 22 de dezembro de 1761 (SALGADO, 1985, p. 45).
À Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos pertenciam todos os despachos relacionados à expedição das armadas e frotas; a administração da Fazenda e dos armazéns; o provimento dos postos militares e ofícios da Marinha; o expediente dos passaportes dos navios; as ordens sobre os que entrassem; as dependências da Marinha; e as consultas, avisos e requerimentos remetidos à secretaria. Além disso, cabiam-lhe as nomeações de vice-reis, governadores e capitães-generais dos Estados da Índia, Brasil, Maranhão, reino de Angola, ilhas de Madeira, Açores e Cabo Verde, e dos presídios de África; os provimentos de todos os postos militares; ofícios de Justiça e Fazenda, dignidades, canonicatos, paróquias e mais benefícios das igrejas; os negócios das missões, e todos os mais pertencentes à administração da Justiça, Fazenda, comércio e governo dos domínios (ARQUIVO NACIONAL, códice 796, fls. 19-21). Sua instalação absorveu atribuições que até então era âmbito exclusivo do Conselho Ultramarino, criado em 1642, gerando alguns conflitos de jurisdição que ainda não foram devidamente estudados (MARTINS, 2006, p. 10-12).
Este esforço por conferir uma nova estruturação à administração central portuguesa, procurando dotá-la de maior centralização e eficiência, atingiu um alto grau de especialização em 1788, quando o alvará de 14 de outubro elevou o Erário Régio, criado por carta de lei de 22 de dezembro de 1761, à categoria de secretaria de Estado e declarou seu presidente e inspetor como ministro e secretário de Estado da Repartição da Fazenda. Ao mesmo tempo, a Marinha portuguesa, no último quartel do século XVIII, experimentou um processo de modernização, com a criação de órgãos como a Academia Real de Marinha, a Companhia dos Guardas-Marinhas e a Real Academia dos Guardas-Marinhas, o Corpo de Engenheiros Construtores, a Brigada Real da Marinha, o Hospital da Marinha, a Junta de Fazenda da Marinha e as Juntas de Fazenda das Esquadras.
A vinda da família real portuguesa para o Brasil em 1808, fruto da conjuntura política européia do final do século XVIII, determinou a montagem de uma estrutura administrativa diferente daquela que até então se exercia na colônia, devendo adequar-se às novas exigências políticas e econômicas de transformação do país em sede da Monarquia. Além das secretarias de Estado, foram instalados no Brasil outros importantes órgãos da administração central portuguesa, como os tribunais e conselhos.
Nesse sentido, o decreto de 13 de maio de 1808 nomeou o infante d. Pedro Carlos, genro do príncipe regente d. João, para o posto de almirante general da Marinha, competindo-lhe a jurisdição e autoridade antes atribuídas aos capitães-generais dos galeões da Armada Real e aos inspetores da Marinha; a jurisdição militar de toda esta repartição; e a inspeção dos arsenais reais de Marinha já estabelecidos no Brasil, ilhas adjacentes e domínios ultramarinos e dos cortes e conduções de madeiras para as construções navais e outros usos da marinha real. Desse modo, a Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos perdeu parte de suas atribuições, que retornaram à pasta somente com a morte de d. Pedro Carlos e a conseqüente extinção do cargo de almirante general da Marinha, pelo decreto de 3 de novembro de 1812. Nesse contexto, as repartições da Marinha do Brasil também passaram por um processo de modernização, como pode ser verificado com a criação de alguns órgãos, como a Junta de Fazenda da Marinha, e a reestruturação de outros, como o Arsenal de Marinha e a Intendência de Marinha do Rio de Janeiro.
Segundo o Almanaque do Rio de Janeiro para o ano de 1811, a Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos era composta por um oficial-maior, oficial-maior graduado, oficiais, oficial supranumerário e ajudantes de porteiro.
Em 1821, as Cortes Gerais Extraordinárias e Constituintes da Nação Portuguesa determinaram que os negócios ultramarinos deveriam ser expedidos por todas as secretarias, mudando a sua denominação para Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha.
Ministros e Secretários de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos (1808-1821)
João Rodrigues de Sá e Melo Meneses e Souto Maior (visconde/conde de Anadia)
De 11 de março de 1808 a 30 de dezembro de 1809
D. João de Almeida e Castro (conde de Galvêas)
De dezembro de 1809 a 18 de janeiro de 1814
D. Fernando de Portugal (marquês de Aguiar)
De janeiro de 1814 a fevereiro de 1814
Antônio de Araújo de Azevedo (conde da Barca)
De fevereiro de 1814 a 21 de junho de 1817
Tomás Antônio de Vilanova Portugal
De junho de 1817 a fevereiro de 1818
D. Marcos de Noronha e Brito (conde dos Arcos)
De fevereiro de 1818 a 26 de fevereiro de 1821
Angélica Ricci Camargo
Documentos sobre este órgão podem ser encontrados nos seguintes fundos do Arquivo Nacional:
BR AN, RIO 4X – Ministério da Marinha
BR AN, RIO OI – Diversos GIFI
BR AN, RIO 2H – Diversos SDH – Caixas: Ministério da Marinha e Ultramar

1- CAMINHA, herick marques. História do Administrativa do Brasil; organização e administração do Ministério da Marinha no Império.Coord. de Vicente Tapajós.Brasília - Rio de Janeiro.Fundação Centro de Formação do Servidor Público.Serviço de Documentação Geral da Marinha.1986.