A Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação da Marinha - SecCTM, com sede em Brasília, Distrito Federal, foi criada pela Portaria nº 115/MB, de 31 de março de 2008, tendo suas atividades e organização estruturadas pelo Regulamento, aprovado pela Portaria nº 95, de 3 de junho de 2008, do Chefe do Estado-Maior da Armada.

De acordo com o BONO n° 892 de 25 de novembro de 2016, foi alterado a denominação da Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação da Marinha (SecCTM) para Diretoria-Geral de Desenvolvimento Nuclear e Tecnológico da Marinha (DGDNTM), sendo incorporadas as atividades do Programa de Desenvolvimento de Submarinos (PROSUB) e do Programa Nuclear da Marinha (PNM), agregando as Estruturas Organizacionais de Gestão de Ciência, Tecnologia e Inovação da Marinha e de Gestão do PROSUB e do PNM.