A Secretaria do Quartel-General da Marinha passou a fazer parte da Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha em 1822, quando o Vice-Almirante Inácio da Costa Quintela, encarregado do então Quartel-General da Marinha, volta para Portugal junto com a Família Real. Por essa ocasião, o Quartel-General foi extinto, permanecendo apenas sua Secretaria.
Através do Quartel-General da Marinha, a partir de 1828, o Ministro passou a administrar toda a Marinha de Guerra (Armada, Corpo de Artilharia da Marinha e estabelecimentos de apoio). O Quartel-General era, porém, mero intermediário das determinações do Governo, sem autoridade de decisões próprias.
Em maio de 1828, foi reativado o Quartel-General da Marinha e criado o cargo de Ajudante de Ordens do Ministro, encarregado do Expediente, que passou a atuar como intermediário entre o Ministro e os comandantes de força e de navios e os chefes de estabelecimentos relacionados com o pessoal desembarque.
Vinculadas ao Quartel-General da Marinha, foram instituídas duas comissões, em 1838, para Exame das derrotas (destinada a examinar os registros das derrotas percorridas pelos navios da Armada em suas navegações , com a finalidade de fiscalizar a sua correção técnica e de obter dados hidrográficos, oceanográficos e meteorológico úteis à comunidade náutica do País) e, em 1844, para exame do armamento naval e seu melhoramento (cuja finalidade deduz-se claramente do próprio nome).
O Decreto 5.278, de 1 de maio de 1873, torna a reorganizar o Quartel-General da Marinha, dando-lhe novo regulamento. Atendendo a aspirações muito antigas dos oficiais-generais da Armada, o título do chefe do Quartel-General passou então a ser Ajudante-General da Armada. E a comissão para Exame das Derrotas passou novamente a ficar vinculada ao Quartel-General, sendo presidida pelo ajudante-general e constituía do seu assistente e mais dois adjuntos.
O Decreto 430, de 29 de maio de 1890, reorganiza o Quartel-General da Marinha como Estado-Maior da Armada, dá-lhe regulamento, e intitula o seu dirigente de Chefe do Estado-Maior General da Armada. O EMGA era a repartição responsável por executar, transmitir e fazer executar as ordens e decisões do Ministro referentes a organização, movimento, economia e disciplina do pessoal militar dos navios, corpos e estabelecimentos sob sua jurisdição. Também competiam-lhe , todo o expediente do comando em chefe das Forças Navais (comando esse atribuído ao Chefe do Estado-Maior), todos os assuntos relativos a justiça militar, a promoção de oficiais, a nomeação dos oficiais que deveriam compor os conselhos de inquisição, de investigação e de guerra, a proposição ao Ministro da nomeação dos oficiais mais aptos para os comandos dos navios, corpos da Marinha, etc.
O Estado-Maior General da Armada subdividia-se em: Primeira Seção, chefiada pelo Subchefe do EM, Segunda Seção, chefiada pelo inspetor de Saúde Naval, Terceira Seção, chefiada por um Maquinista Naval de primeira classe, Quarta Seção, chefiada pelo Comissário-Geral da Armada (que não era o chefe do Comissário-Geral da Armada).
O Decreto 430/1890 também extingui a Comissão de Exame das Derrotas e passou suas atribuições para a Repartição Hidrográfica.
O Decreto 6.503, de 11 de junho de 1907, reorganiza o Estado-Maior General da Armada, desobrigando-o de certas atribuições de caráter burocrático, encarregando-o de outras de caráter militar-operativo e rebatizando-o de Estado-Maior da Armada.
O Quartel-General era um órgão burocrático, um elo estabelecido entre o Ministro e os demais órgãos da Marinha de Guerra, por meio do qual aquela autoridade transmitia as diretrizes e ordens governamentais às Forças Navais, aos seus órgãos de apoio e aos órgãos que geriam as atividades subsidiárias da Marinha. Durante a Reforma Wandenkolk (1890), o Quartel-General foi reorganizado e rebatizado de Estado-Maior General da Armada, porém poucas modificações decorreram dessa reorganização, ficando o órgão ainda classificado como burocrático. Uma nova reorganização do órgão foi durante a primeira Reforma Alexandrino (1907), o órgão foi renomeado como Estado-Maior da Armada e, embora fosse intenção do Ministro Alexandrino fazer do referido órgão um instrumento auxiliar de um comandante naval operativo do mais alto nível hierárquico, na realidade, o Estado-Maior da Armada continuou a exercer funções burocrático-administrativas, de mistura com atribuições típicas de um estado-maior militar operativo. Ficou, contudo, exonerado das funções técnicas, que passaram a ser exercidas pelas inspetorias então criadas.
Sob a influência da Missão Naval Americana, em 1923, ocorreu uma nova reorganização na estrutura administrativa do Ministério da Marinha, o qual, embora alterando detalhes do que se adotara até então, pouco modificou quanto à sua essência filosófica. O mesmo sucedeu quando das Reformas Protógenes e Guillobel, tendo nesta última se acentuado por força da dicotomia estabelecida de caber ao Ministro, simultaneamente, o comando militar e a direção administrativa da Marinha. E tão arraigada ficou na mentalidade naval a filosofia do Estado-Maior da Armada como órgão assessor do comandante militar de mais alto nível na Armada que, por ocasião da reforma de 1968, manteve-se o EMA com características análogas às que viera apresentar desde 1907.
Em 1970, pelo decreto 66.052 de 12 de janeiro -- que aprovou novo Regulamento para o EMA, em consequência da reformulação da estrutura administrativa do Ministério da Marinha instituída pelo Decreto 62.860/1968 –, o EMA ficou constituído das Subchefia de Planejamento Administrativo, Subchefia de Informação e Subchefia de Planejamento Estratégico. Nessa nova estrutura, ressalta o caráter híbrido, burocrático-administrativo e militar operativo.
O Decreto 73.916, de 5 de abril de 1974, criou o cargo do Vice-Chefe do EMA, com vistas a aliviar o Chefe do EMA da tarefa de coordenar as atividades das Subchefias, dado que este exercia acumulativamente o cargo de Comandante de Operações Navais.
Em 1975, em decorrência dos aperfeiçoamentos introduzidos nas sistemática do Plano Diretor da Marinha e da participação do EMA na avaliação e no controle de execução do referido plano, o Decreto 75.383, de 14 de fevereiro, criou a Subchefia de Avaliação e Controle.
Pelo Decreto 79.552, de 19 de abril de 1977 (que aprovou novo Regulamento para o EMA), inclui-se na sua estrutura a Subchefia de Logística e Mobilização.

Fonte : Caminha, Herick Marques. História do Administrativa do Brasil; organização e administração do Ministério da Marinha no Império.Coord. de Vicente Tapajós.Brasília - Rio de Janeiro.Fundação Centro de Formação do Servidor Público.Serviço de Documentação Geral da Marinha.1986.

Caminha, Herick Marques. História Administrativa do Brasil: organização e administração do Ministério da Marinha na República. Coord. de Vicente Tapajós. Brasília – Rio de Janeiro. Fundação Centro de Formação do Servidor Público. Serviço de Documentação Geral da Marinha, 1989.