A Pagadoria da Marinha foi organizada pela Decisão n° 38, de 22.09.1808, do Almirante Geral da Armada, essa Decisão organizou também a Intendência, a Contadoria e o Almoxarifado da Marinha. Todos , inclusive a Pagadoria, estavam integrados ao Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro. A Pagadoria seria responsável por efetuaria os pagamentos determinados.
O Decreto n° 870 de 22.11.1851 reorganiza as tesourarias da fazenda províncias, do Tesouro Nacional, e nelas centraliza os pagamentos de todas as repartições do governo imperial, do que decorre ficarem as Pagadorias da Marinha províncias fadadas a desaparecer. O Decreto n° 903 de 22.05.1852 manda extinguir a da Bahia, o Decreto n° 1 395 de 27.05.1854 torna a extinguir a pagadoria da Bahia e mais a de Pernambuco e do Pará.
O Decreto n° 1 769 de 16.06.1856 manda executar regulamento reorganizando as Intendências da Marinha da Corte, e das províncias da Bahia, Pernambuco e Pará, tendo anexos os Almoxarifados e as Pagadorias.
O Decreto n° 3 710 de 06.10.1866 cria a Repartição Fiscal e Pagadoria da Marinha do Rio da Prata, o Decreto n° 3 773 transfere para Montevidéu a sede dessa repartição fiscal, que posteriormente é extinta pelo Decreto n° 4 694 de 15.02.1871.
O Decreto n° 4 214 de 20.06.1868, reorganiza a Contadoria-Geral da Marinha, ficando-lhe anexa a Pagadoria da Marinha.
A Contadoria e Pagadoria da Marinha centralizava a contabilidade e fiscalizava toda a receita e despesa do Ministério da Marinha, cingido-se em seus processos às normas gerais seguidas pelo Tesouro Nacional. Tinha a função de pagar, na Capital Federal, a todo o pessoal civil e militar do Ministério da Marinha. Cabendo-lhe confeccionar o projeto de orçamento do Ministério. Faz o assentamento de todo o ativo Ministério, representado pelo material imóvel. A escrituração , contabilidade e fiscalização dos créditos e despesas do Ministério da Marinha nos Estados da União são desempenhadas pelas respectivas Delegacias do Tesouro Nacional.