Após a vitória na Guerra do Paraguai, que consolidou o domínio brasileiro das vias fluviais na região platina, o Governo Federal passou a constituir preocupação com a região Noroeste do País, devido à inexistência de tratados de limites entre os países ribeirinhos e atitudes hostis das repúblicas vizinhas, que reclamavam as questões fronteiriças, a liberdade de navegação no Rio Amazonas e tributários.
Para garantir o exercício da soberania e dos interesses nacionais na Amazônia Ocidental, por meio de uma presença naval efetiva, decide D. Pedro II, criar, pelo Aviso de 2 de junho de 1868, a Flotilha do Amazonas, com sede na Capital da recém-elevada província do Amazonas, cuja missão foi a de “policiar as fronteiras fluviais com as repúblicas vizinhas, e fazer executar pelas embarcações estrangeiras os regulamentos fiscais vigentes, a fim de garantir os interesses do Império na região”.
Para o exercício inicial do Comando da Flotilha, foi designado o então Capitão-de-Mar-e-Guerra Victorio José Barbosa da Lomba, sendo-lhe adjudicadas 12 Lanchas a Vapor tripuladas por 192 Praças do Corpo de Imperiais Marinheiros, atingindo Manaus na noite de 26 de dezembro de 1868.
No final do século XIX, o aventureiro espanhol Luiz Galvez reacende a questão acreana com a proclamação do Estado Independente do Acre. Para fazer valer o Tratado de Ayacucho de 1867, o Governo Federal envia navios da Flotilha do Amazonas que, atingindo a cidade de Puerto Alonso, depõe Galvez, extinguindo a República doAcre e devolvendo o território às autoridades bolivianas.
No início do século XX, o Congresso boliviano cria o “Bolivian Syndicate”, conglomerado capitalista com poderes para “... equipar e manter uma força armada de navios de guerra, para defesa dos rios ou a conservação da ordem interna, ou outros objetivos”. Tal fato provocou a revolta dos seringueiros e a não aceitação pelo governo brasileiro dessa lei. Para resolver a questão, foi firmado o Tratado de Petrópolis, que concedia ao Brasil soberania sobre o Território do Acre.
No princípio de 1910, por conveniência sanitária aliado a facilidades de reparo, a Flotilha do Amazonas foi deslocada para Belém, tendo sua sede retornada a Manaus em 1912.
Em meados de 1924, por ocasião do “Movimento Tenentista”, os sediciosos em Manaus, com auxílio de alguns navios da Flotilha, que se rebelaram, depuseram as autoridades locais, dominando a situação. Em 30 de agosto, chega a Manaus uma Força Naval, e restaura a ordem, sem luta. Após isto, a Flotilha do Amazonas, mais uma vez, recebeu ordem de transferir-se para Belém.
No ano de 1931, novamente transferiu-se a Flotilha para Manaus, a fim de socorrer a praça comercial da cidade que se encontrava em absoluta decadência econômica.
Em 1933, para garantir a neutralidade do Brasil, quando da eclosão do Conflito de Letícia, entre Peru e Colômbia, é criada a Divisão Naval em Operações no Rio Amazonas que, suspendendo do Rio de Janeiro em 5 de janeiro de 1933, atinge Manaus, incorporando os navios da Flotilha do Amazonas.
Pela Lei nº 3.726 de 17 de outubro de 1940, foi criado o Comando Naval do Amazonas, para exercer, a juízo do Governo, o Comando da Flotilha, com sede em Belém, no então extinto Arsenal de Marinha do Pará. Durante a Segunda Guerra Mundial, os navios da Flotilha do Amazonas realizaram Patrulha no litoral do Maranhão, Pará e Amapá, contribuindo para o esforço de guerra nacional.
No período de 1942 a 1945, o Comando Naval do Amazonas teve várias denominações, até que, através do Decreto nº 8.181 de 19 de novembro de 1945, foi alterado para Comando do 4º Distrito Naval (Com4ºDN), passando o Comando da Flotilha do Amazonas a integrar esse DN como força subordinada.
O Aviso nº 373 de 23 de abril de 1974 desdobrou a Flotilha do Amazonas em duas unidades, sendo criado o Grupamento Naval do Norte, este sediado em Belém e aquela sediada em Manaus, porém com subordinação ao Com4ºDN.
Em meados dos anos 1970, à Flotilha do Amazonas, foram incorporados dois novos Navios-Patrulha Fluviais Classe “Pedro Teixeira”, construídos no Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro, e três Navios-Patrulha Fluviais Classe “Roraima”, construídos no Estaleiro MacLaren, no Rio de Janeiro, para operarem no eixo estratégico Manaus-Tabatinga e nos rios de penetração de nossa fronteira Ocidental.
Em 1994 foi ativado o Comando Naval da Amazônia Ocidental (CNAO), passando o Comando da Flotilha do Amazonas a sua subordinação.
Em 2000, por meio de um contrato de cessão de uso entre a Marinha e o Estado do Acre, foi incorporado à Flotilha do Amazonas o Navio de Assistência Hospitalar “Dr. Montenegro” que, após um grande período de reparos, passou a realizar as ASSHOP.
Finalmente, o Decreto nº 5.349 de 20 de janeiro de 2005 criou o Comando do 9º Distrito Naval (Com9ºDN), em substituição ao CNAO, sendo ativado em 03 de maio de 2005, contando com sete Organizações Militares diretamente subordinadas, dentre elas, o Comando da Flotilha do Amazonas.