No ano de 1942, com a entrada do Brasil na Segunda Guerra Mundial, foi decretada a criação dos Comandos Navais, tendo sido Salvador designada para sede do Comando Naval do Leste. A denominação de Comando Naval do Leste foi mantida até 1945, quando passou a ser "Comando do 2º Distrito Naval" (Com2°DN).
Após algumas mudanças de endereço, a 07 de junho de 1973, o Comando do 2º Distrito Naval mudou-se para as instalações da extinta Escola de Aprendizes Marinheiros, situada à Av. das Naus s/n - Comércio, onde funciona atualmente. Dispõe de aproximadamente 150 metros de cais, grande área para cerimônias militares e um heliponto. O 2º Distrito Naval, a exemplo dos demais DN, é subordinado diretamente ao Comando de Operações Navais (CON).