Sob o nome de Odontoclínica Naval, foi inaugurada em 7 de setembro de 1935 por decreto assinado pelo Exmo. Sr. Presidente da República do Brasil Getúlio Dorneles Vargas e pelo Exmo. Sr. Ministro da Marinha Almirante Protógenes Pereira Guimarães. Sua primeira localização foi no Laboratório Central da Marinha, equipada com 4 (quatro) consultórios odontológicos.

Em 1937, atendendo a crescente demanda, transferiu-se para o prédio fronteiriço à Ilha das Cobras, onde ficou até 1983.

A Alta Administração Naval, observando a necessidade de promover melhor adequação ao atendimento odontológico na Marinha, julgou por bem construir uma nova Odontoclínica, dotando suas instalações com equipamentos eficientes e modernos. Em 15 de Julho de 1983 foi inaugurada a atual Odontoclínica Central da Marinha, que dispõe de oitenta e um consultórios, distribuídos em três pavimentos.
Em função do trabalho de equipe, silencioso, perseverante e profícuo dos profissionais Cirurgiões-Dentistas Militares ao longo de todos estes anos, podemos afirmar com segurança que a Odontoclínica Central da Marinha desfruta do mais sólido conceito perante as demais instituições odontológicas do País.