O NPa "PENEDO" foi incorporado a Marinha Brasileira em 30 de setembro de 1971, sendo subordinado ao Comando do 1° Distrito Naval, Comando do 3° Distrito Naval, Comando do 4° Distrito Naval e atualmente ao Comando do 6° Distrito Naval , onde passou a subordinaçăo do Comando da Flotilha de Mato Grosso, após a transferencia de subordinaçăo ocorrida em duas fases: a primeira fase foi iniciada com a saída do Navio de Belém no dia 01 de Setembro de 1999 e terminada com a chegada do Navio no Rio de Janeiro em 28 de Setembro de 1999; a segunda fase foi iniciada com o suspender do Navio no dia 27 de Dezembro de 1999 do Rio de Janeiro e terminada com a chegada em Ladário no dia 09 de Março de 2000, encerrando-se a transferencia de subordinaçăo do 4° Distrito Naval para o 6° Distrito Naval.