O Navio Hidrocianográfico Cruzeiro do Sul foi incorporado pela Portaria n° 280 de 07/11/2007, sendo classificado como navio de 2ª classe. A embarcação foi incorporada na condição de Navio isolado, até a sua Incorporação à Armada, fato que ocorreu em fevereiro de 2008, com a portaria n° 53 de 14/02/2008. Portaria esta que subordinava o NHoCSul ao Diretor-Geral de Navegação e delegava competência ao mesmo para efetuar a transferência da subordinação do navio ao Diretor de Hidrografia e Navegação.