O Navio-Balizador Comandante Manhães (H-20) é o primeiro navio a ostentar esse nome na Marinha do Brasil, em homenagem ao Capitão-de-Corveta Antônio Manhães de Mattos, um destacado oficial hidrógrafo. Foi construído pelo Estaleiro São João A.A., em Manaus-AM, financiado com recursos da SUNAMAM- Superintendência Nacional da Marinha Mercante. Com a falência do Estaleiro São João sua construção foi transferida para os Estaleiros da Amazônia S/A (ESTANAVE), também localizado em Manaus. O Comandante Manhães é o terceiro de uma série de quatro unidades da mesma classe. Teve sua quilha batida em 18 de outubro de 1983. Foi submetido à Mostra de Armamento e incorporado a Armada em 15 de agosto de 1984, pela O.D. n.º 0083 do EMA, em cumprimento à Portaria n.º 0755/84 do MM. A cerimônia foi presidida pelo Chefe do Estado-Maior da Armada e realizada no caís da Roadway, em Manaus. Na quela ocasião, assumiu o comando o Capitão-Tenente Antônio Hermínio da Silva Serpa.
1982

Em 3 de fevereiro, foi nomeado seu primeiro comandante o Capitão-Tenente Herz Aquino de Queiroz, pela Portaria n.º 0126, posteriormente anulada.

1984

Em 3 de fevereiro, foi nomeado pela Portaria n.º 0194, o CT Antônio Hermínio da Silva Serpa para o cargo de Encarregado do Grupo de Recebimento.

Na primeira semana de maio, o Grupo de Recebimento do Comandante Malhães, foi enviado ao Rio Grande, onde realizou adestramento a bordo do do NB Comandante Varella - H 18.

Em 15 de maio, o Grupo de Recebimento chegou a Manaus, para acompanhar, praticamente, mais da metade da construção do navio, do qual nessa época só existiam o casco e a superestrutura.

Logo após seu recebimento pela Diretoria de Hidrografia e Navegação (DHN), passou a ser subordinado ao Centro de Sinalização Náutica Almirante Morais Rego (CAMR), e ficou sediado em Natal-RN, integrando o Serviço de Sinalização Náutica do Nordeste, sendo responsável pela manutenção do balizamento no litoral dos Estados do Ceará, Paraíba, Pernambuco, Alagoas e Rio Grande do Norte e Ilhas Oceânicas de Fernando de Noronha e Atol das Rocas, mais especificamente entre as cidades de Camocim e Maceió.

No final de outubro, depois de corrigir várias pendências o Comandante Malhães partiu para Natal-RN, onde chegou em 2 de novembro depois de ter escalado em Belém-PA e Fortaleza-CE e ter feito 13 dias de mar e 2065,6 milhas navegadas.

Sua primeira comissão, estranhamente, não foi de apoio ao aos faróis e balizamento, mas sim de apoio à Força Aérea Brasileira - FAB, para recolher um foguete lançado do Centro de Lançamento da Barreira do Inferno - CLBI, próximo a Natal, perfazendo um dia de mar e 83.3 milhas navegadas.

1985

Em 15 de janeiro, iniciou sua primeira comissão de assistência a faróis e balizamentos, fazendo escalas em Areia Branca-RN, Fortaleza-CE, Camocim-CE, Recife-PE e Maceió-AL. Em Fortaleza voltou a prestar apoio a FAB, atuando no socorro a uma aeronave C-95 Bandeirante que havia caído a 15 milhas da capital cearense.

Realizou sua segunda comissão, escalando e realizando serviços em Tutóia, Luiz Correia, Camocim-CE, Fortaleza-CE, Cabedelo-PB e Natal-RN.

1986

Em 1º de janeiro, entra em vigor a portaria n.º 1024, de 26 de novembro de 1985, transferindo sua subordinação para o Serviço de Sinalização Náutica do Nordeste - SSN-3, sediado em Recife-PE.

Em junho, o Comandante Malhães chegou a sua nova sede em Recife-PE.

Em uma de suas mais longas comissões, indo até Itaquí-MA, com escalas em Cabedelo-PB, Fortaleza-CE, Camocim-CE, Luiz Correia e Tutóia, tendo feitos 25.5 dias de mar e 3.006 milhas navegadas.

1989

Em 15 de agosto, comemorou 5 anos de sua incorporação, realizando nesse período a manutenção e apoio ao balizamento flutuante, entre Maceió e Fortaleza, e o balizamento final da Ilha de Fernando de Noronha e Atol das Rocas, tendo atingido até essa data as marcas de 173,5 dias de mar e 21.425,7 milhas navegadas.

1990

Em abril, inspecionou o balizamento particular do canal de acesso ao Porto de Guamaré, entre as cidades de Natal e Macau, na entrada demarcada pelo Farol de Galinhos, onde está situado o Pólo Petroquímico da Petrobrás. Essa foi a primeira vez que um navio da Marinha do Brasil atracou nesse porto.

1991

Na madrugada de 22 de junho, suspendeu do porto de Macuripe, Fortaleza-CE, onde realizava comissão de balizamento, para atender um alerta SAR dado pelo Comando do 3º Distrito Naval. As 19:00 horas do mesmo encontrou o Veleiro "Maxime", que estava a deriva desde o dia 21, durante a travessia Ilha da Martinica-Fortaleza. Essa foi a primeira faina real de reboque do Comandante Malhães, realizada num mar com ondas de 3 metros e ventos de 30 nós, o que dificultou em muito a operação. Na manhã do dia 24 chegou a Fortaleza com o Veleiro sob reboque, encerrando com sucesso sua primeira missão de Busca e Salvamento.

1992

Realizou o lançamento da Barca-Farol Risca do Zumbi. Esse é a primeira Barca-Farol de Alto-Mar brasileira e foi desenvolvida pelo CAMR, sendo dotada de RACON e fonte luminosa com alcance de 14 milhas, além do painel solar e bateria. O sinal foi estabelecido sobre o alto fundo "Risca do Zubi", ao largo do Cabo do Calcanhar, a uma profundidade de 14 metros, com dispositivo de fundeio com duas poitas de 5 e 3 toneladas, respectivamente, e uma amarra de 100 metros de comprimento. A faina de lançamento, contou com o apoio do RbAM Almirante Guilhem - R 24, e foi concluída no período noturno, após seis horas.

1994

Em 15 agosto, comemorou 10 anos de serviço ativo, tendo atingido as marcas de 367.5 dias de mar e 42.636,0 milhas navegadas.

1996

Entre 7 e 22 de maio, realizou comissão que se estendeu do arquipélago de Fernando de Noronha ao Atol das Rocas, e também realizou pela primeira vez a manutenção técnica e preventiva no farol dos Penedos de São Pedro e São Paulo, ali inaugurado em 1995.

2000

Em janeiro, foi transferido de Recife-PE para Natal-RN, nova sede do Serviço de Sinalização Náutica do Nordeste – SSN 3, passando a operar a partir da Base Naval de Natal junto com o NB Tenente Boanerges.

2007

Em 11 de junho, data alusiva ao 142º Aniversario da Batalha Naval do Riachuelo, realizou ação de presença em Fortaleza-CE.

2011

Passou por um período de modernização, em que foram substituídos seus motores, geradores, equipamentos de comunicação e navegação, além de instalado o Sistema de Controle de Avarias (SCAV), derivado do mesmo sistema desenvolvido pelo IPqM e instalado nas fragatas classe Niterói durante o Programa ModFrag.

2012

Em 25 de fevereiro suspendeu de Natal para prestar apoio à Estação Científica do Arquipélago de São Pedro e São Paulo e restabelecer a bóia de amarração.

O navio fez o lançamento de uma bóia para amarração de embarcações nas proximidades do Arquipélago, o transporte de material e pessoal para realizar a construção de um novo píer de embarque e desembarque de material/pessoal e a revitalização das instalações utilizadas por militares e civis durante suas estadias na Estação.