A Intendência é organizada pela Decisão 38, de 22 de setembro de 1808, junto com a Contadoria, a Pagadoria e o Almoxarifado da Marinha, todos integrados ao Arsenal do Rio de Janeiro. A Intendência controlaria os gastos da Real Marinha através de escrituração feita pela Contadoria. A Decisão 46, de 26de outubro de 1808, do Almirante-General da Armada, determinou que a direção do Arsenal do Rio de Janeiro fosse exercida pelo inspetor do mesmo Arsenal (o vice- intendente), desvinculando–o do Intendente da Marinha e subordinando-o diretamente ao Almirante-General (o Intendente continuando subordinado ao Ministro). Essa desvinculação persistiu até depois da Independência do País. Assim, pois, o Intendente da Marinha desempenhava as funções de um diretor de finanças da Armada; e o Inspetor do Arsenal, cumulativamente com o cargo de vice-intendente da Marinha, as funções de um diretor de serviços, dentre os quais serviços, citaremos: combate a incêndios nas dependências navais e na cidade do Rio de Janeiro, administração dos navios desarmados (que serviam de depósito, presídio, etc.), operação dos navios de transporte, execução de obras de melhoramento do porto, balizamento, carta marítima, compensação de agulhas, e mais: matrícula de embarcações mercantes, policiamento do porto, praticagens das barras e socorro marítimo.
O Decreto 946, de 1 de novembro de 1890, extingue a Intendência da Marinha e cria o Comissário-Geral da Armada, com a finalidade de, na Capital Federal, adquirir, arrecadar e fornecer aos navios, corpos da Marinha e outras estações dependentes do Ministério da Marinha, os objetos sobressalentes, os víveres e fardamentos de que necessitassem.
O Decreto 6.525, de 15 de junho de 1907, desdobra o Comissário-Geral da Armada em Depósitos Navais, do Rio de Janeiro, do Pará e Mato Grosso; o do Rio de Janeiro teria autonomia administrativa, enquanto os outros dois continuariam anexos aos Arsenais de Marinha do Pará e de Mato Grosso.

Fonte: Caminha, Herick Marques. História do Administrativa do Brasil; organização e administração do Ministério da Marinha no Império.Coord. de Vicente Tapajós.Brasília - Rio de Janeiro.Fundação Centro de Formação do Servidor Público.Serviço de Documentação Geral da Marinha.1986.

Caminha, Herick Marques. História Administrativa do Brasil: organização e administração do Ministério da Marinha na República. Coord. de Vicente Tapajós. Brasília – Rio de Janeiro. Fundação Centro de Formação do Servidor Público. Serviço de Documentação Geral da Marinha, 1989.