Por Aviso do Ministério da Marinha, de 27-11-1904, Henrique Aristides Guilhem foi posto à disposição do Ministério das Relações Exteriores, para servir na Comissão Exploradora do Alto Juruá - Saiu do Rio de Janeiro, a bordo do paquete Alagoas, 13-12-1904, chegando a Manaus, 30-12-1904. Assumiu as funções de Ajudante Substituto da Comissão de reconhecimento do rio Juruá, 3-1-1905. Saiu de Manaus na lancha Faceira, juntamente com a comissão de que fazia parte, 14-4-1905. Chegou à foz do Juruá a 25, ao Tefé a 29 de abril e a S.Felipe a 17 de maio. Saiu de S. Felipe a 23 de maio, chegando à foz do rio Moá a 2 de junho, de onde saiu a 6 e chegou a Pirapora a 10-6-1905. Por falta dágua a lancha Faceira aí ficou retida. A 19 a comissão prosseguiu viagem de canoa, chegando à foz do Rio Amorim a 30. a 3-7-1905, partiu daí e chegou à foz do rio Breu a 11; saiu a 20 e chegou à confluência do Vacapista a 26. A 7-8-1905, estava na confluência do Torolhuc e a 13 no Pique-Iaco. A 24 do mesmo mês, começou a subir do Torolhuc, chegando à foz do Peligro a 29 e ao lugar que ficou denominado Porto das Canoas a 9-9-1905. Partiu a pé, 11-9-1905, dirigindo a expedição à cabeceiras do Torolhuc, onde chegou no dia 20. Regressou a 25 do mesmo mês, alcançando o chefe da comissão no dia 28, num ponto a duas jornadas do Porto das Canoas. Partiu a 30, novamente a pé, dirigindo a expedição às nascentes do Salombo, onde chegou, 6-10-1905. A 8, incorporado ao chefe, desceu o rio com destino à confluência com o Pique-Iaco, onde chegou no dia 15, do mesmo mês, tendo antes tomado parte na exploração do Metaleiro. A 30-10-1905, partiu com a expedição às nascentes do Pique-Iaco. Chegou à foz do Achupal a 31 do mesmo mês, separando então do chefe. A 9-11-1905, deixou as canoas e prosseguiu viagem a pé, até às nascentes, onde chegou no dia 13 do mesmo mês. Partiu do Serro de S.Gabriel, em viagem de regresso, a 17-11-1905, chegando à confluência do Torolhuc e Pique-Iaco no dia 20. A 27 desceu dessa confluência, à foz do Vacapista, começando a subir o rio, 30-11-1905. A 5 de dezembro, chegou à foz do seu galho principal, Hano-Iaco, e a 6 subiu até a boca do varadouro que vai a Sheshea, confluente do Ucaiale. No mesmo dia, tomou parte na exploração daquele varadouro. A 9-12-1905, subiu o igarapé S. Tomaz, a pé, a fim de explorar o varadouro que vai ao Mashansha. A 10, explorou o varadouro até a margem do citado rio. A 11, regressou a pé, pelo rio S. Tomaz,até à foz do Hano-Iaco. A 14, saiu da foz desse riacho e seguiu para Vacapista, onde chegou a 15. Saindo daí a 23, chegou à foz do Breu a 24, donde partiu a 29 e chegou a Amônea, 30-11-1905, reunindo-se aí ao chefe da comissão, a bordo da lancha Faceira. A 3-1-1906, saiu da foz do Amônea, chegando à foz do Moá a 5, a S. Felipe a 7 e à foz do Juruá a 17. Partiu a 21e chegou a Manaus, 24-1-1906, tendo tomado parte em todos os trabalhos topográficos, hidrográficos e astronômicos efetuados pela comissão. Com esta, embarcou em Manaus, no paquete desse nome, a 27-5-1906, com destino ao Rio de Janeiro onde chegou a 12 de junho do mesmo ano. Concluídos os trabalhos, foi exonerado do cargo de Ajudante Substituto da Comissão de Reconhecimento do Alto Juruá (Portaria do Ministério das Relações Exteriores, 31-7-1906)