O Hospital Naval Marcílio Dias (HNMD), com sede na cidade do Rio de Janeiro, RJ, foi criado pelo Decreto nº 23.854, de 8 de fevereiro de 1934, com a denominação de Instituto Naval de Biologia. Sua organização e atribuições foram fixadas pelo Decreto nº 20.940,
de 9 de abril de 1946, que aprovou o Regulamento para o Serviço Hospitalar da Marinha. Pelo Decreto nº 20.050, de 16 de agosto de 1949, passou a ser denominado Hospital Naval de Doenças Infecto-Contagiosas e, posteriormente, pelo Decreto nº 29.486, de 23 de abril de 1951, Hospital Naval Marcílio Dias, quando teve, então, suas atividades disciplinadas pelo Decreto nº 37.687, de 3 de agosto de 1955, que aprovou o Regulamento para as Instituições Hospitalares e Para-Hospitalares da Marinha. Foi extinto pelo Decreto nº 71.121, de 18 de setembro de 1972, que criou o Centro Médico Naval Marcílio Dias (CMNMD) e teve, posteriormente, o Regulamento para Hospitais Navais aprovado pelo Decreto nº 71.511, de 7 de dezembro de 1972. A denominação de Hospital Naval Marcílio Dias foi restabelecida pelo Decreto nº 83.144, de 6 de fevereiro de 1979, que o desmembrou do CMNMD, com as suas atividades regulamentadas pela Portaria nº 2.035, de 23 de dezembro de 1980, do Ministro da Marinha.
Com a revogação desta, passou a ter sua organização e atividades regidas pelos Regulamentos aprovados pelas Portarias nº 40, de 27 de setembro de 1991, e nº 167, de 10 de junho de 1996,
ambas do Chefe do Estado-Maior da Armada. Revogadas estas, passou a ter suas atividades e organização estruturadas pelas Portarias nº 360, de 30 de setembro de 1998, nº 129, de 4 de
setembro de 2006 e nº 90, de 10 de junho de 2008, do Diretor-Geral do Pessoal da Marinha e pelas Portarias nº 16, de 19 de janeiro de 2011 e nº 252, de 31 de agosto de 2011, e 257, de 12 de setembro de 2011, do Diretor de Saúde da Marinha. Revogada esta última, passa a ter suas atividades regulamentadas pela Portaria nº 14, de 2 de fevereiro de 2012, do Diretor de Saúde da Marinha.