Por Decreto nº 17.376 de 15 de dezembro de 1944, foi declarado de utilidade pública, para efeitos de desapropriação, o imóvel de propriedade da Santa Casa de Misericórdia da Bahia, situado à Praça Conselheiro Almeida Couto, bairro de Nazaré, na cidade de Salvador, com todos os móveis, utensílios, material cirúrgico e rouparia (antigo Hospital Manoel Vitorino), construído de 1914 a 1919, com área física de 3.676,24 m2, para instalação do Hospital Naval de Salvador.

Pela Ordem do Dia nº 0033 de 30/12/1944, do Comandante do Comando Naval do Leste (Comando do 2º Distrito Naval a partir de 1945), foi criado e instalado o Hospital Naval de Salvador.

Em 11 de julho de 1947, a Ordem do Dia nº 10, do Comando do 2º Distrito Naval, considerou o Hospital extinto, sendo seu material transferido para a Base Naval de Salvador (no Comércio, nessa época). Posteriormente, pelo decreto nº 29.616 de 27 de julho de 1951, publicado no DOU de 31/07/51, voltou o Hospital Naval de Salvador a funcionar no seu edifício, no largo de Nazaré, sendo esta, portanto, a data referência da criação do Hospital Naval e Salvador.

Em janeiro de 1994, foram iniciadas as obras para a construção do novo Hospital, na avenida da França, nº 1.400, bairro do Comércio.

A área atual é de 13.492,02 m2 de terreno e 8.679,44 m2 de área construída em terreno plano. Em 21/01/1995, houve a transferência definitiva de todas as atividades do Hospital. O prédio antigo em Nazaré foi cedido ao Governo do Estado, desvinculando-se da Marinha do Brasil.