Até 1834, os enfermos da Marinha eram tratados no Hospital Militar da Corte que, desde a chegada da Família Real ao Brasil, era localizado no Morro do Castelo. O Decreto Legislativo, de 9 de dezembro de 1833, autoriza instalar, na Ilha das Cobras, em dependências da fortaleza que existia no local, um hospital para melhorar o tratamento aos doentes da Armada e do Corpo de Artilharia da Marinha. O novo hospital foi instalado em duas casas, para isso edificadas, e começou a funcionar em 3 de março de 1834. Nos anos seguintes, foram acrescentadas a ele novas enfermarias e melhoramentos, à medida que as necessidades aumentavam e se obtinham os recursos para atendê-las. Para dirigir o Hospital da Marinha, foi designado o Cirurgião-Mor da Armada, cargo que foi criado pelo Decreto de 24 de outubro de 1822. Nas províncias, a Marinha tratava seus enfermos nos hospitais de caridade, pagando as despesas correspondentes; depois de 1840, foram instaladas enfermarias nos Arsenais de Pernambuco, Bahia e Pará.
O Decreto 429, de 29 de maio de 1890, aprova Regulamento para o Hospital de Marinha da Ilha das Cobras, na Capital Federal, e para as enfermarias da Marinha existentes na Bahia, Pernambuco e Pará. O Hospital da Marinha da Capital Federal continuará a servir para o tratamento dos oficiais do Corpo da Armada e Classes Anexas, das praças dos Corpos da Marinha e dos demais empregados (civis) dos estabelecimentos navais.
As enfermarias, nos Estados, estavam sujeitas ao Inspetor dos respectivos Arsenais de Marinha, que desempenhavam as atribuições cometidas na Capital Federal ao diretor do Hospital da Marinha.
Durante a Revolta da Armada, em 1893, e a entrega ao Exército de todas as dependências navais existentes na Fortaleza de São José, na Ilha das Cobras, ficou suspenso o funcionamento do Hospital da Marinha, só foi reativado em janeiro de1897.
O Decreto 4.644, de 5 de novembro de 1902, deu nova organização ao Serviço Hospitalar da Marinha de Guerra; nesse ato, falou-se pela primeira vez em um hospital central naval. O Decreto 7.203, de 3 de dezembro de 1908, aprovou um novo regulamento para o Serviço Hospitalar da Marinha de Guerra, e denominou de Hospital Central da Marinha o até então chamado Hospital da Marinha da Ilha das Cobras.

Fontes: Caminha, Herick Marques. História do Administrativa do Brasil; organização e administração do Ministério da Marinha no Império.Coord. de Vicente Tapajós.Brasília - Rio de Janeiro.Fundação Centro de Formação do Servidor Público.Serviço de Documentação Geral da Marinha.1986.

Caminha, Herick Marques. História Administrativa do Brasil: organização e administração do Ministério da Marinha na República. Coord. de Vicente Tapajós. Brasília – Rio de Janeiro. Fundação Centro de Formação do Servidor Público. Serviço de Documentação Geral da Marinha, 1989.