Em 20 de março de 1942, durante a Segunda Guerra Mundial, foi criada a 3ª Companhia Regional, com a tarefa de prover segurança à Base Naval de Natal, a quem caberia apoiar as ações da gloriosa Força Naval do Nordeste. Em 07 de março de 1963, em face da reorganização do Corpo de Fuzileiros Navais, a 3ª Companhia Regional foi reestruturada e passou a denominar-se Grupamento de Fuzileiros Navais de Natal. Em maio de 1971, passou a ocupar as instalações do extinto Centro de Instrução Almirante Tamandaré, carinhosamente conhecido na sociedade potiguar como CIAT, lugar onde até hoje permanece.