Criada por Decreto de 13 de Outubro de 1932, a Primeira Companhia Regional de Fuzileiros Navais, organizada no Rio de Janeiro, embarca primeiramente no Vapor Almirante Jaceguay até Montevidéu e posteriormente no Navio-Auxiliar Uruguay, chegou a Ladário sob o Comando do então Segundo-Tenente (FN) Antônio Ferreira de Mello.
A esxtinta Primeira Companhia Regional de Fuzileiros Navais chegou em Ladário a 5 de Janeiro de 1933, ficando alojada inicialmente, em um barracão de madeira do Arsenal de Marinha de Ladário, sendo posteriormente transferida para um prédio em precárias condições, que com o exaustivo trabalho dos Fuzileiros Navais, foi aos poucos se transformando em uma instalação razoavelmente adaptada para habitação da tropa. em 1942, finalmente, a Companhia transferiu-se para o prédio antes ocupado pela Aviação Naval, onde até hoje permanece.
Primogênita das Regionais do CFN, nasceu com os caracteres natos do entusiasmo, desprendimento e espírito de sacrifício dos Fuzileiros, levando, ao deixar o lar na sede, a esperança da família Cáqui, deixando, março de 1963, quando, pelo Decreto nº 51.811-A, teve seu nome mudado para Grupamento de Fuzileiros Navais de Ladário, com as mesmas missões e finalidades da extinta Primeira Companhia, tendo sido ampliados o seu efetivo e a sua estrutura organizacional, passando a contar com uma Companhia de Fuzileiros e uma Companhia de Comando e Serviços.
O ano de 1995 representa outro importante março na história do GptFNLa, quando a Marinha do Brasil adquiriu os terrenos que correpondem hoje a Área de Adestramento do Rabicho, possibilitando um incremento significativo operacionalidade ribeirinha do 6º DN.
Em 2002, a OM passou por nova reestruturação, com a inclusão da 2ª Companhia de Fuzileiros Navais. Atualmente o GptFNLa é estruturado como unidade de Combate, visando seu emprego em operações ribeirinha, por meio da constituição de Grupamentos Operativos de Fuzileiros Navais, os quais poderão ser reforçados por destacamentos da Força de Fuzileiros da Esquadra.
A fim de manter elevado o seu grau de adestramento, o GptFNLa participa de diversos exercícios com os meios da Flotilha de Mato Grosso, do 4º Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral, do Exército Brasileiro, da Força Aérea Brasileira, além de exercícios com as Marinhas da Argentina, Bolívia, Paraguai e Uruguai. Neste contexto destacam-se as Operações ADERIBEX, RIBEIREX PANTANAL, CONJUNTA, NINFA e ACRUX.
Cabe ainda ressaltar que o GptFNLa desenvolve anualmente o Estágio do Pré-Comissão de Operações no Pantanal (EOPANT), com o propósito de preparar o seu núcleo combatente na arte das operações em ambiente pantaneiro. O EOPANT vem alcaçando um alto nível de qualidade, demonstrado pelo aumento na solicitação de vagas por outras forças.
O EOPANT passou a ser C-Exp-OPant, por meio da Portaria nº 159/DEnsM de 20 de agosto de 2007.

De acordo com o BONO Especial nº 125/2020 do Com6ºDN, foi alterada a nomenclatura para "3º Batalhão de Operações Ribeirinhas.