A criação das Capitanias dos Portos no Brasil remonta aos idos de 1845, quando o Imperador D. Pedro II, através do Decreto Imperial nº 358, de 14 de agosto daquele ano, autorizou o governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada província marítima do Império.
A idéia da criação das Capitanias dos Portos surgiu inspirada na atuação dos Arsenais de Marinha e Administrações Navais, implantados na província do Rio Grande durante a Revolução Farroupilha. A boa atuação destas duas instituições na província deflagrada levou o Governo Imperial a avaliar a possibilidade de manter, permanentemente, em vários pontos do país, órgãos fiscalizadores e regulamentadores dos portos e vias navegáveis.
Mesmo após o tratado de paz, que punha fim a Revolução Farroupilha, ainda haviam dissenções espalhadas por todo território riograndense e para desmanchar, por completo, esses focos revolucionários e reintegrar o território rebelde, definitivamente, ao resto do país, o Conde de Caxias, conhecido como o Pacificador, que assumira a Presidência da Província, sugeriu ao jovem imperador D. Pedro II que empreendesse, com sua esposa, uma viagem de boa vontade pela província riograndense. Sendo assim, locomoveu-se o jovem casal de monarcas da Côrte para a província do Rio Grande, três meses após o Decreto que autorizava a criação das Capitanias. Veio na comitiva imperial o Ministro do Império, Antonio Francisco de Paula e Hollanda Cavalcanti de Albuquerque, que pode conhecer de perto o bom trabalho realizado pelos extintos Arsenal e Administração de Marinha e se certificar de que tais serviços melhor ainda seriam desenvolvidos pelas Capitanias. Não havia, ainda, nenhuma capitania instalada, por isso, a 10 de dezembro de 1845 dirigiu-se o Ministro ao Conde de Caxias, pedindo apoio e providências para a implantação da nova repartição na cidade de Rio Grande de São Pedro, pela importância de seu porto e pelo incentivo que isto traria ao comércio da Província. Foi então nomeado o Capitão-Tenente da Armada Francisco José de Mello, que já dirigia o Arsenal, para servir como Capitão do Porto, “tomando a si todas as atribuições que um tal cargo exigia, de antemão enumeradas pelo Ministro, e autorizado a propor e tomar outras tantas e quaisquer medidas direcionadas ao fim visado, que entendesse necessárias”.
A regulamentação do decreto anterior foi efetivada pelo Decreto nº 447, de 19 de maio de 1846, que criou diversas capitanias ao largo da costa brasileira, entre elas a Capitania dos Portos da Província de São Pedro do Rio Grande do Sul, na cidade do Rio Grande de São Pedro, tendo como primeiro titular o oficial da armada supra citado, ex-diretor do Arsenal e que já havia assumido tal responsabilidade, como já lhe tinha determinado, anteriormente, o Ministro. A Capitania iniciou suas atividades em 1847, instalada no Arsenal de Marinha, junto ao terreno da Alfândega. Em 1859 a Capitania foi transferida para a Ponta da Macega, onde atualmente está localizado o Comando do 5º Distrito Naval.
Em decorrência da decisão de serem construídas instalações próprias para o exercício de suas atividades, foi inaugurado, em 13 de janeiro de 1936, o prédio da Capitania na atual rua Almirante Cerqueira e Souza, hoje ocupado pelo SRD e outras repartições navais. Finalmente, em 19 de fevereiro de 1975, a Capitania transferiu-se para o local onde está atualmente instalada. No dia 19 de maio de 1996 a Capitania dos Portos do Rio Grande do Sul comemorou a passagem dos seus 150 anos de existência. Apesar de sesquicentenária mantém-se jovem pela intensa atividade exercida junto a comunidade marítima riograndense, cadastrando e habilitando pessoal, efetuando vistorias das embarcações, apurando as causas dos acidentes, exercendo a importante atividade de Inspeção Naval, e procurando, sempre mais, estar atualizada e pronta a responder aos desafios impostos pela modernidade.