A Agência da Capitania dos Portos em Aracati (AgAracati) foi criada pelo Decreto nº 33.407, de 29 de julho de 1953, do Exmo. Sr. Presidente da República Getúlio Vargas, quando a Capatazia da Capitania dos Portos do Estado do Ceará em Aracati foi elevada à categoria de Agência.

A Portaria Ministerial nº 39, de 5 de fevereiro de 1998, do Exmo. Sr. Ministro de Estado da Marinha Mauro Cesar Rodrigues Pereira, extinguiu a Agência. Em 8 de maio de 2012, a Agência foi reativada em cumprimento à Portaria nº 286/MB, de 25 de outubro de 2011, do Exmo. Sr. Comandante da Marinha Almirante-de-Esquadra Julio Soares de Moura Neto.

A necessidade de reativá-la no mesmo local foi apresentada ao Comandante da Marinha em face da grande demanda por serviços da MB existente em diversas praias do litoral leste do Estado do Ceará, como Icapuí, Fortim, Beberibe, Cascavel e outras. Em águas dessa região navegam aproximadamente 3.000 embarcações, que até então dispunham da sede da Capitania dos Portos do Ceará em Fortaleza, distante cerca de 150 km.

Outros fatores importantes da reativação da AgAracati foram a possibilidade da MB incrementar o número de cursos oferecidos à comunidade marítima local, tendo em vista o crescimento da atividade de esporte e recreio nos últimos anos que aumentou significativamente a demanda pela orientação e fiscalização visando a segurança da navegação.

A Agência da Capitania dos Portos em Aracati é subordinada à Capitania dos Portos do Ceará.

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