Em 1911, pelo Decreto número 8.650, de 4 de abril, assinado pelo Presidente da República, Marechal Hermes da Fonseca e pelo Ministro de Estado dos Negócios da Marinha, Contra-Almirante Joaquim Marques de Leão, foi criado o “Curso Superior de Marinha”, dentro da estrutura da Escola Naval, que então funcionava na Rua Dom Manuel, nº 15, na cidade do Rio de Janeiro.

Em 1914, com a transferência da Escola Naval para Angra dos Reis, foi criada, pelo Decreto número 10.787, de 25 de fevereiro, assinado pelo Presidente Hermes da Fonseca e pelo Almirante Alexandrino Faria de Alencar, uma “Escola para o Ensino Naval de Guerra”, denominada “Escola Naval de Guerra”, cuja sede permaneceu no mesmo local, na rua Dom Manuel, até 1933. A Escola foi inaugurada em 11 de junho de 1914, tendo sido o seu primeiro Diretor o Contra-Almirante Antonio Coutinho Gomes Pereira. O primeiro regulamento da Escola Naval de Guerra foi aprovado pelo Decreto número 11.517, de 10 de março de 1915.

Posteriormente, pelo Decreto número 19.536, de 27 de dezembro de 1930, assinado pelo Presidente Getúlio Vargas e pelo Almirante Conrado Heck, a Escola Naval de Guerra teve a sua denominação alterada para “Escola de Guerra Naval”. A EGN funcionou na Rua Dom Manuel, até 1933, quando suas instalações foram transferidas para o Edifício 17A do Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro (AMRJ), onde permaneceu até 11 de junho de 1935.
A partir de 11 de junho de 1935, a EGN ficou sediada no sexto andar do Edifício “Almirante Tamandaré”, no prédio onde funcionava o antigo Ministério da Marinha, próximo ao “Cais da Bandeira”. Nesse local, a EGN permaneceu por mais 35 anos, quando encerrou suas atividades em 8 de abril de 1970. Finalmente, em 30 de abril de 1970 a EGN foi transferida para o endereço atual. Suas novas instalações foram inauguradas pelo Presidente da República, General-de-Exército Emílio Garrastazu Medici, estando acompanhado pelo Ministro da Marinha, Almirante-de-Esquadra Adalberto de Barros Nunes.