A sua história remonta à segunda metade do século XIX quando, em 1862, as dependências do antigo Forte de São Francisco Xavier de Piratininga foram cedidas à Marinha do Brasil, passando a Escola de Aprendizes de Marinheiros. Seu primeiro comandante o Capitão-Tenente José Lopes de Sá. Entretanto, essa primeira escola veio a ser extinta em 1866.

À época da República Velha, pelo Decreto-Legislativo n° 1.654, de 13 de junho de 1907, as instalações do antigo forte foram ampliadas. Escola de Aprendizes-Marinheiros do Espírito Santo, inaugurada a 1 de abril de 1909, sendo que também foi extinta em 1913. Em cumprimento à Portaria n° 2 de 1 de março de 1952, do Diretor-Geral do Ensino Naval, Vice-Almirante Armando Pinto de Lima, o Capitão de Corveta Paulo Cezar Ribeiro deslocou-se ao Espírito Santo, com a missão de entrar em entendimentos com o então Governador, Jones Santos Neves, para proceder à escolha de um local apropriado para a nova instalação da EAMES. O escolhido foi a Enseada do Inhoá, após visita do Capitão Paulo Cezar, acompanhado do então Capitão dos Portos e do Secretário de Viação e Obras Públicas do governo do estado.

À época após os trâmites jurídico-administrativos, iniciou-se a construção do primeiro edifício da EAMES, a Usina Elétrica, com o lançamento da pedra-fundamental ,6 de outubro de 1954. A construção dos demais edifícios, prosseguirem em ritmo acelerado, sendo concluídas em janeiro de 1960. Em abril desse mesmo ano, foi aquartelada a primeira turma, denominada de Turma Alfa, com um efetivo de 452 Aprendizes oriundos dos estados da Bahia,, do Espírito Santo, da Guanabara, das Minas Gerais, de Pernambuco e São Paulo. Aos 29 de outubro de 1960, a EAMES foi solenemente inaugurada, com a presença do então Presidente da República, Juscelino Kubitschek de Oliveira, do Ministro da Marinha: na ocasião Almirante Jorge do Paço Matoso Maia, o então Diretor Geral do Pessoal, o Vice-Almirante Antônio Cezar de Andrade, estavam presentes também outras autoridades militares, civis e eclesiásticas. As atuais instalações da Escola contam com, doze salas de aula todas adaptadas ao ambiente multimídia; dois laboratórios de informática com cinquenta estações de trabalho cada; um laboratório de Eletricidade/Eletrônica; um laboratório de elementos de Máquinas; uma biblioteca multimídia; um navio de pedra e uma torre de sinais (para instrução de Comunicações Interiores e de noções de navegação e Marinharia; dois simuladores de Marinharia (para noções de faina de transferência de carga leve; um tambor gigante apelidado de Minimaracanã, usado para exercícios de combate a incêndio; um píer com vinte escaleres a remo e dois escaleres à vela; um stand de tiro; áreas de esporte com pistas de Atletismo; quatro campos de futebol; duas quadras poliesportivas; uma piscina; uma área de lazer com sauna e cantina. Atualmente a Escola tem capacidade para abrigar até 540 alunos.