Sob o título de Companhia de Aprendizes-Marinheiros, a Escola foi criada em 26 de novembro de 1864, mas foi instalada somente em 26 de fevereiro de 1865. Funcionou, inicialmente, com um pequeno número de aprendizes, em modesta casa da antiga Rua da Praia.

Transferiu-se, posteriormente, para um prédio, tipo barracão, situado próximo ao Poço da Draga, antigo porto da cidade de Fortaleza, local onde atualmente funciona a Secretaria da Fazenda do Estado (SEFAZ).

A formação do Aprendiz-Marinheiro compreendia o curso primário e os elementos profissionais, estritamente necessários ao desempenho do serviço de bordo.

Por ocasião da Guerra do Paraguai houve uma ampliação das instalações com a finalidade de formar 300 aprendizes/ano para atender a demanda da Esquadra à época.

No início do século, especificamente na data de 01 de outubro de 1908, e já com a denominação de Escola de Aprendizes-Marinheiros do Ceará, foi transferida para Jacarecanga, onde passou a ocupar um prédio de dois andares.

No período de 05 de novembro de 1931 a 26 de maio de 1940, a Escola foi extinta e todo o seu material e demais pertences foram distribuídos para as demais escolas.

Após restabelecida houve ampliação das instalações físicas, que permitiram à Escola propiciar melhor apoio a seus alunos, como também assumir tarefas subsidiárias determinadas pela própria evolução e reorganização da Marinha.

Hoje, a EAMCE tem estrutura adequada e é capaz de formar cerca de 600 marinheiros por ano, além de prover assistência médico-odontológica, psicólogica, jurídica e social aos militares da ativa e da reserva da Marinha no Ceará, bem como a dependentes e pensionistas.

O ingresso para o Curso de Formação de Marinheiros para Ativa (C-FMN) é feito através de concurso público nacional cujos principais requisitos são: ser brasileiro nato e ter concluído o Ensino Fundamental; e ser solteiro, nunca haver vivido em concubinato ou união estável e não ter filhos.