A Diretoria-Geral de Navegação (DGN), com sede na cidade do Rio de Janeiro, foi criada pelo Decreto nº 62.860, de 18 de junho de 1968, que estabeleceu a Estrutura Básica da Organização do Ministério da Marinha. Suas atividades foram regulamentadas pelo Decreto nº 64.463, de 5 de maio de 1969. Revogado o regulamento inicial pelo Decreto nº 97.542, de 28 de fevereiro de 1989, teve um novo regulamento aprovado pela Portaria nº 6, de 9 de março de 1989, do Chefe do Estado-Maior da Armada.

Pela Portaria Ministerial nº 606, de 7 de dezembro de 1995, foi classificada como Organização Militar (OM) sem autonomia administrativa, apoiada em pessoal, material e finanças pelo Comando de Operações Navais. Posteriormente, teve novos regulamentos aprovados pelas Portarias nº 42, de 12 de fevereiro de 1996 e nº 52, de 23 de fevereiro de 1999, do Chefe do Estado-Maior da Armada. Revogada esta última, a DGN passa a ter suas atividades e organização estruturadas pelo presente Regulamento,aprovado pela Portaria nº 4, de 14 de janeiro de 2004, do Chefe do Estado-Maior da Armada .

De acordo com o BONO n° 507 de 22 de Julho de 2015, por meio da Portaria n° 244/MB, do Comandante da Marinha, de 1° de Junho de 2015, a Diretoria-Geral de Navegação (DGN) foi desvinculada do Comando de Operação Navais (ComOpNav), sendo classificada como OM com autonomia administrativa e contando com um Almirante-de-Esquadra dedicado exclusivamente ao cargo de Diretor-Geral, tendo como organizações diretamente subordinadas a DPC e a DHN.