A Diretoria de Saúde da Marinha (DSM), com sede no Rio de Janeiro, RJ, foi criada pelo Decreto nº 16.237, de 5 de dezembro de 1923, dando continuidade e substituindo a Inspetoria de Saúde Naval, que foi constituída na forma do Regulamento aprovado pelo Decreto nº 4.326 de 22 de janeiro de 1902, e reorganizada pelo Decreto nº 6.507, de 11 de junho de 1907.
Teve o seu nome mudado para Diretoria de Saúde Naval pelo Decreto nº 18.506, de 27 de maio de 1945. Voltou à denominação de Diretoria de Saúde da Marinha pelo Decreto nº 32.488, de 30 de março de 1953, quando teve suas atividades regulamentadas. A partir de então, a DSM teve seu Regulamento alterado seguidas vezes pelos Decretos nº 44.780, de 6 de novembro de 1958, nº 53.396, de 6 de janeiro de 1964, nº 58.558, de 31 de maio de 1966, nº 66.068, de 14 de janeiro de 1970, nº 71.140, de 25 de setembro de 1972, nº 75.160, de 30 de dezembro de 1974 e nº 95.649, de 19 de janeiro de 1988, respectivamente. Em 04 de fevereiro de 1988, passou a ter sua organização e atividades estruturadas pelo Regulamento aprovado pela Portaria nº 0006, do Chefe do Estado-Maior da Armada (CEMA), que foi revogada pelas Portarias nº 0166, de 10 de junho de 1996, nº 0026, de 29 de janeiro de 1997 e nº 0387, de 18 de setembro de 1998, também do CEMA.
Passou a ter suas atividades e sua organização estruturadas pelos Regulamentos aprovados pelo Diretor-Geral do Pessoal da Marinha nas Portarias nº 0359, de 30 de setembro de 1998, nº 188, de 26 de abril de 2001, nº 38, de 13 de abril de 2005 e nº 179 de 10 de outubro de 2008. Revogada esta última Portaria, passa a ter suas atividades e organização regulamentadas pelo presente Regulamento, aprovado pela Portaria nº 33, de 4 de março de 2010, do DGPM.