É com a abertura dos Portos do Brasil, por decreto de D. João VI, datado de 28 de janeiro de 1808, que surge no país a noção de controle da navegação marítima.
Pelo Decreto de 7 de junho de 1809, criou-se o Despachante das Embarcações que saíssem dos portos e, mais tarde, em 1810, o Alvará de 3 de fevereiro, criou a Mesa de Despacho Marítimo que, além de outras atribuições, regulava a maneira pela qual deviam ser efetuados os Despachos dos navios que saíssem dos portos. Essas Mesas de Despacho eram situadas nos principais portos do país, depois Capitais das Províncias, culminando com a sua regulamentação, pelo Decreto de 26 de março de 1833 que, além do Despacho Marítimo tratava, igualmente, da arqueação de embarcações, registros, etc.

 Mais tarde, pelo Decreto 358, de 14 de agosto de 1845, o Governo do Império resolveu estabelecer uma Capitania em cada Província Marítima, com as atribuições específicas de polícia naval, conservação dos portos, inspeção e administração dos faróis, balizamento, matrícula do pessoal marítimo, praticagem, etc. Essas primeiras Capitanias eram subordinadas diretamente ao Ministro da Marinha do Império e foram criadas sucessivamente por diversos decretos, desde 15 de maio de 1846 (Belém, São Luís, Recife, Salvador, Rio de Janeiro, Florianópolis, Rio Grande); 3 de outubro de 1847 (Natal, João Pessoa, Maceió, Santos); 12 de janeiro de 1848 (Aracaju); 1º de outubro de 1853 (Paranaguá); 10 de fevereiro de 1855 (Parnaíba); 12 de janeiro de 1856 (Vitória); 11 de julho de 1857 (Fortaleza); 16 de março de 1861 (Corumbá); e 18 de novembro de 1874 (Manaus).
  A primeira sede da Diretoria de Portos e Costas pode ser encontrada ao considerar-se o contido no Relatório do Ministro da Marinha, Almirante ALEXANDRINO FARIA DE ALENCAR, endereçado ao Presidente da República dos Estados Unidos do Brasil, datado de abril de 1908, informando que a Inspetoria de Portos e Costas, “criada recentemente, funciona na antiga residência do Vice-Inspetor do Arsenal de Marinha”.
 Nesse mesmo documento encontra-se publicada a relação dos Próprios Nacionais pertencentes ao Ministério da Marinha no ano de 1870, organizada conforme o disposto no parágrafo 4º do artigo 12 da Lei nº 1.114, de 27 de setembro de 1860. Consta que entre os bens arrolados, existiam dois destinados à Secretaria de Inspeção. O primeiro, construído sobre pilares de alvenaria com um armazém , tendo de frente 65,5 palmos e de fundo 172, era ocupado pela então existente Secretaria de Inspeção, para ser “Casa do risco e oficina de tanoeiros”. Ainda, nessa relação, há um outro bem que é considerado como sendo a primeira sede da Diretoria de Portos e Costas, onde existe a seguinte descrição “1 sobrado de pedra de cal, construído sobre pilares, de 55 palmos de frente por 172 de fundo ... serve de quartel do Vice-Inspetor e do Ajudante das obras do Mar. Na parte ao rés do chão trabalha-se em concertos de escaleres e em outros semelhantes”.

Somente no advento da República é que se resolveu desligar a subordinação das Capitanias do Ministro da Marinha e concentrá-las sob um único órgão que, a princípio, se denominou de Inspetoria de Portos e Costas.

Foi o Decreto nº 6.509, de 11 de junho de 1907, que criou o Regulamento da Inspetoria de Portos e Costas o qual, dispondo de 38 artigos, subordinou todas as Capitanias, existentes no País, à mencionada Inspetoria.
Mais tarde foram criadas as Capitanias Fluviais que, abrangendo mais um Estado ou Província, correspondiam aos portos dos respectivos rios. As três primeiras foram Pirapora (11 de março de 1926); Foz do Iguaçu (20 de novembro de 1940) e Rio Uruguay (7 de outubro de 1954). Ainda, pertenciam à rede administrativa da DPC as então denominadas Escolas de Marinha Mercante, a do Pará, criada em 28 de fevereiro de 1907 e a do Rio de Janeiro, de 18 de junho de 1956. Pelo Decreto nº 9169-A, de 30 de novembro de 1911, a estrutura da Marinha foi modificada, com evidente inspiração na organização da Marinha Britânica, passando o Inspetor de Portos e Costas a denominar-se de Superintendente de Portos e Costas e fazer parte do Almirantado.
Em 1923, pelo decreto 16.237, de 5 de dezembro de 1923, nova reorganização administrativa sofreu o Ministério da Marinha, e a Superintendência passou a ser denominada de Diretoria de Portos e Costas, com as mesmas atribuições, isto é, as primitivas da antiga Inspetoria e da então existente Superintendência de Portos e Costas, subordinada esta nova Diretoria diretamente ao Ministério da Marinha.
No ano de 1931, o Chefe do Governo Provisório da República, pelo Decreto 20.829, de 21 de dezembro de 1931, criou a Diretoria de Marinha Mercante e deu outras providências, em substituição à primitiva Diretoria de Portos e Costas.
Mais tarde, pelo Decreto 24.581, de 5 de julho de 1934, ao se reorganizar administrativamente o Ministério da Marinha, essa denominação foi confirmada.
Em 1952, pela Lei 1.658, de 4 de agosto de 1952, uma nova organização foi dada ao Ministério da Marinha. Nesta, a primitiva Diretoria de Marinha Mercante passou a denominar-se novamente de Diretoria de Portos e Costas, com as mesmas atribuições da anterior.
Em 1967, pelo Decreto Lei nº 200, de 25 de fevereiro de 1967, foi feita a nova organização administrativa do país, na qual estava incluso o Ministério da Marinha.

Pelo Decreto nº 62.860, de 18 de junho de 1968, que restabelece a Estrutura Básica da Organização do Ministério da Marinha, foi mantida a denominação atual desta Diretoria, porém a mesma passou a ser subordinada, juntamente com a Diretoria de Hidrografia e Navegação, à Diretoria Geral de Navegação.

O artigo 48 do Decreto nº 62.860, de 18 de junho de 1968, estabeleceu o seguinte:

A Diretoria de Portos e Costas (DPC), tem por finalidade planejar, dirigir, coordenar e controlar as atividades técnicas e administrativas relacionadas com a Marinha Mercante, quanto à praticagem, segurança das embarcações e instalações portuárias, bem como formação, habilitação e qualificação do pessoal marítimo e da indústria de construção naval civil.
Cabe à DPC:

I – Fiscalizar, no que concerne à Segurança Nacional, e de acordo com os compromissos internacionais assumidos, as atividades das Marinhas Mercantes Nacional e Estrangeiras;
II – Estabelecer as condições de acesso, permanência, estacionamento, tráfego e saídas dos navios mercantes nacionais e estrangeiros, em relação aos portos, fundeadouros, águas territoriais e zona contígua; e
III – Fiscalizar a utilização dos terrenos de marinha e acrescidos, obras públicas ou particulares sobre água, no que diz respeito a embaraços à navegação, aos interesses nacionais e à Segurança Nacional.

A Lei nº 5461, de 25 de junho de 1968, ratificou a atribuição da DPC, estabelecida no Decreto nº 62.860, de 18 de junho de 1968, de gerir o Ensino Profissional Marítimo em todo o País, provendo os meios necessários ao desempenho dessa tarefa. A DPC teve seu regulamento aprovado pelo Decreto nº 65.611, de 23 de outubro de 1969.
Revogado o Decreto de regulamento pelo Decreto nº 93.438, de 17 de outubro de 1986, passou a ter suas organização e atividades estruturais pelo Regulamento aprovado pela Portaria nº 0029, de 20 de outubro de 1986, do Chefe do Estado-Maior da Armada e , posteriormente, pela Portaria nº 0019, de 22 de janeiro de 1996. Revogada essa Portaria, a DPC passa a ter suas organização e atividades estruturadas pelo presente Regulamento, aprovado pela Portaria nº 0048, de 20 de fevereiro de 1997, do Chefe do Estado-Maior da Armada.
Revogada essa Portaria, a DPC passou a ter suas atividades e organização estruturadas pelo Regulamento aprovado pela Portaria nº 0013, de 30 de dezembro de 1997, do Diretor-Geral de Navegação. Com a revogação dessa última Portaria, a DPC passa a ter suas atividades e organização estruturadas pela Portaria nº 0019, de 22 de novembro de 2002, do Diretor-Geral de Navegação.