O DepSubMRJ foi criado pelo o Decreto n° 38.412, de 26 de dezembro de 1955, com a denominação de Depósito de Subsistência do Rio de Janeiro. Esta denominação foi alterada em 1978, para Depósito de Subsistência da Marinha no Rio e Janeiro e tem a sua organização e atividades aprovadas em Portaria, de 11 de março de 1994, do Chefe do Estado-Maior da Armada.

De acordo com a Portaria n° 429/MB, de 1° de Setembro de 2014, fica extinto, dentro da Estrutura Organizacional do Comando da Marinha, o Depósito de Subsistência da Marinha no Rio de Janeiro (DepSubMRJ). As atribuições de responsabilidade do DepSubMRJ serão desempenhadas pelo Depósito de Suprimentos de Intendência da Marinha no Rio de Janeiro (Dep-SIMRJ).