O Depósito de Material de Saúde da Marinha no Rio de Janeiro - DepMSMRJ, com sede na cidade do Rio de Janeiro, RJ, teve sua origem no extinto Centro Logístico de Saúde da Marinha, foi criado em 29 de abril 2008, pela Portaria nº162, do Comandante da Marinha.
Com a reformulação do Sistema de Abastecimento da Marinha, operada em 1993, que incluiu a criação do Centro de Controle de Inventário da Marinha, os Depósitos Primários que lhe estão subordinados, tiveram seu Regulamento aprovado pela Portaria nº 49, de 13 de outubro de 2004, do Secretário-Geral da Marinha.