A origem histórica da atual Delegacia Fluvial de Uruguaiana, localizada hoje na Rua Domingos de Almeida nº. 1194, surgiu na época do Império, quando foi criada a Capitania dos Portos, para cada Província do Brasil, pelo Decreto nº. 358, de 14/8/1845. Com a necessidade em defendermos nossos limites hídricos de fronteiras, em 20 de fevereiro de 1918, o Decreto nº. 12.886, criou, na cidade de Uruguaiana, com a finalidade de preservar a navegação fluvial do Rio Uruguai, entre as cidades de Paso de Los Libres (Argentina) e Uruguaiana (Brasil), a Agência da Capitania dos Portos do Rio Grande do Sul, sendo um órgão militar da Marinha do Brasil, tendo como missão prioritária a coordenação e controle de atividades relativas à marinha mercante e organizações correlatas, no que se refere à segurança da navegação no Rio Uruguai, defesa nacional, salva guarda de vidas humanas e prevenção da poluição hídrica, sendo hoje, subordinada à Capitania dos Portos do Estado do Rio Grande do Sul e ao 5º Distrito Naval, da cidade de Rio Grande, atualmente regulamentada, pelo Comando de Operações Navais, conforme prescreve a Portaria nº. 0004, de 31 de janeiro de 2000.
Em 25 de novembro de 1932, o Decreto nº. 22.145, elevou à categoria de Delegacia, ocasião em que foi assinado o “Tratado de limites com a Argentina”,em outubro de 1933, quando esteve o presidente daquele país, Augustin Pedro Justo nessa cidade, firmando vários convênios com o Brasil, dentre os quais o Tratado de comércio e navegações. Em 1943, foram criadas capatazias do Rio Chapecó até a cidade de Quarai, ao longo do Rio Uruguai. Nessa época, surgiu o Grupo de Escoteiros “Almirante Benjamin Sodré”. Na década de 1950, existiu o grupo de escoteiros do mar, “Antonio Alves Dias”; ambos com apoio total da Delegacia. Em 7 de outubro de 1950, pelo Dec. Nº. 36.305, a Delegacia foi transformada em Capitania Fluvial dos Portos do Rio Uruguai, de 3ª classe, comandada por um capitão-de-corveta sendo, em 2 de junho de 1956, elevada a Capitania de 2ª classe, pelo Dec. nº 39.305.

Ao serem criadas essas capatazias, foram atribuídas à Delegacia de Uruguaiana, a tarefa de debelar invasores da Gendarmeria Argentina, que atravessavam o rio, invadindo nossos limites para perseguir seus fugitivos políticos e atacando, até mesmo, brasileiros que se dispusessem a proteger esses foragidos. Por isso, contou a Delegacia com um Destacamento de Fuzileiros Navais como apoio vindo, em 1º de junho de 1956, duas Companhias regional de Fuzileiros Navais, que se destinavam ao Comando do 5º Distrito Naval, ainda em organização, em Florionópolis. O Grupamento de Fuzileiros Navais de Uruguaiana permaneceu até 20 de março de 1978, quando então, foram extintos em toda a fronteira, pelo Decreto nº. 81.591. Pelos bons serviços prestados à cidade, a lei Municipal nº. 1.352, de 12 de novembro de 1976, denominou “Trevo Fuzileiro Naval”, o terminal da Av. Duque de Caxias, Rua 15 de novembro e Setembrino de Carvalho.
O mesmo Decreto que extinguiu o Destacamento de Fuzileiros Navais de Uruguaiana e fronteira, em seu artigo 3º criou a atual Delegacia, que permanece até os dias de hoje, sendo subordinada à Capitania dos Portos do Rio Grande do Sul, tendo sob sua jurisdição 78 localidades. No comando do CC Daniel Américo Rosa Menezes, juntamente com a Prefeitura Municipal de Uruguaiana, foi inaugurado, em 9 de janeiro de 2008, o Museu do Rio Uruguai – Marinha do Brasil, à beira do Rio Uruguai, no Bairro Mascarenhas de Moraes, com peças arqueológicas e barcos antigos da marinha, onde nos conta a atuação histórica dessa instituição nesse município.