A Delegacia da Capitania dos Portos em Ilhéus (DelIlheus) foi criada em de 20 de fevereiro de 1918 por meio do Decreto nº 12886, alterado pelo Decreto nº 13495 de 12 de março de 1919, como Agência de Ilhéus, sendo seu primeiro titular o Civil JOSÉ DE BARROS LEITE. Seguiram-se os Funcionários Civis EMANUEL DE OLIVEIRA e MARIANO BRAGA DE ANDRADE.
Em 1928

Elevada à categoria de Delegacia, assumiu as funções de titular o Auxiliar de Escrita MANOEL MONTEIRO, substituindo-o o Funcionário DOMINGOS SANTOS e interinamente o Faroleiro ZACARIAS VASCONCELOS, sendo substituído em 1931 pelo Escriturário BARROS LEITE.

Em 1940

Por meio do Decreto nº 6.530 de 20 de novembro, foi extinta a Delegacia de Ilhéus no Estado da Bahia. O mesmo Decreto criou a Agência de Ilhéus sob a jurisdição da Capitania dos Portos do Estado da Bahia, sob a Direção do Primeiro-Tenente JOSÉ MARIA DE AGUIAR.

Em 1956

Em 31 de outubro, pelo Decreto nº 40.242, sob a Direção do Primeiro-Tenente (EP) RRm CLOVIS PIRES DE ARAGÃO, a OM foi elevada à Categoria de Delegacia e construída sua sede em prédio próprio em terreno doado à Marinha pela família ADAMI.

Em 1996

Teve todas as suas instalações reformadas e ampliadas, passando por uma profunda otimização administrativa, tendo todos os seus diversos setores interligados por uma rede de microcomputadores e automatizado 90% dos seus processos administrativos.

A Agência e posteriormente Delegacia da Capitania dos Portos em Ilhéus teve os seguintes endereços: Rua Marquês de Paranaguá, 113; Rua Eustáquio Bastos, 89; Rua Conselheiro Dantas, 57; Avenida Dois de Julho, 337; e finalmente Rua Major Homem Del Rey, 217 – Cidade Nova.

A jurisdição da Delegacia da Capitania dos Portos em Ilhéus compreende 66 municípios e cerca de 180 Km de litoral, limitados ao sul pelo município de Canavieiras e ao norte por Itacaré.