Até o início da expansão do CFN com a criação das Companhias Regionais, as atribuições do Comandante-Geral resumiam-se às de um Comandante de Unidade, com a peculiaridade de responder, também, pela formação e preparo das Praças e, em alguns períodos, total ou parcialmente pelo de seus oficiais.
À medida que mais e mais efetivos deixavam a Fortaleza de São José, cresciam em volume, especialização e importância as responsabilidades do Comandante-Geral. Para auxiliá-lo em suas atribuições, inicialmente contava com uma organização departamental voltada para pessoal e material, até que, a partir do Regulamento de 1934, passou a contar com um Estado-maior, organizado em Estado-Maior Geral e Especial.
O progressivo aumento das atribuições do Comandante-Geral, associado à elevação dos efetivos da tropa da Ilha das Cobras, mostrou a conveniência da criação de uma organização independente, surgindo, assim, em 1950, o Comando da Guarnição do Quartel-General.
Com a criação e efetivação dos principais componentes da Força de Fuzileiros da Esquadra (FFE), ao Comandante-Geral foi atribuído o Comando da mesma, tendo a si subordinados, ainda, a Guarnição do Quartel-General, o Centro de Instrução e o Centro de Recrutas. Estes dois últimos receberam em 1966 um órgão de enquadramento, voltado para atividades de instrução, o Comando da Organização de Apoio, depois transformado em Comando de Apoio, origem dos atuais Comando do Pessoal de Fuzileiros Navais e Comando do Material de Fuzileiros Navais.
Finalmente, nessa evolução histórica, o ano de 1981 representou marco significativo pelas profundas modificações havidas. Assim, com a elevação de nível do Comando-Geral a Órgão de Direção Setorial (ODS), subordinado diretamente ao Ministro da Marinha, ocorreu a reestruturação do Corpo, permanecendo uma Força Operativa, representada pela FFE e pelos Grupamentos Regionais de Fuzileiros Navais, subordinadas ao Comando de Operações Navais, enquanto os órgãos de apoio se posicionaram no Setor apropriado.
Deve-se assinalar que, a despeito da referida setorialização, foi mantida a concepção de unidade do CFN, conceituado como “Parcela da Marinha destinada a ações e operações terrestres necessárias a uma campanha naval, bem como à guarda e segurança de instalações navais ou de interesses da Marinha, e ao respectivo apoio específico”.
Na nova posição, estabelecida em 1981, foi atribuído ao Comando-Geral do Corpo de Fuzileiros Navais (CGCFN) o propósito de “Exercer a Direção Setorial das atividades peculiares ao apoio específico à Força e Unidades de Tropas de Fuzileiros Navais”.
Como ODS, sua atuação foi assinalada por duas alterações de maior relevo:

• deixou de cuidar dos assuntos diretamente ligados ao emprego da FFE; e
• recebeu a devida autoridade para o trato dos encargos de caráter financeiro, técnico e administrativo, decorrentes das necessidades de apoio à Força de Fuzileiros Navais.
  Para assumir suas novas tarefas, o CGCFN foi reorganizado, adotando uma estrutura voltada para Recursos Humanos, Material, e Pesquisa e Doutrina. Por se constituírem em assuntos tão distintos, optou-se pela departamentalização, a qual melhor comporta os trabalhos específicos.
  De forma sucinta, pode-se dizer, então, que compete ao CGCFN prover à Força de Fuzileiros Navais com recursos humanos profissionalmente preparados, segundo os diferentes escalões, especializações e qualificações, e dotados de material adequado, para serem submetidos no Setor Operativo, ao adestramento e ao planejamento de emprego, compatíveis com as situações previsíveis.
  Tais situações podem demandar novos meios humanos e materiais, com níveis crescentes de qualidade e/ou especialização, o que faz configurar-se uma relação de mútua essencialidade e preserva as relações peculiares do Comandante-Geral com todos os Fuzileiros Navais.