O Decreto nº 10.359 de 31 de agosto de 1942 dividiu o território nacional em seis Distritos Navais, com jurisdição sobre todo o litoral, rios e vias navegáveis e o Decreto nº 10.446 de 10 de setembro do mesmo ano mandou aprovar e executar o Regulamento para os Comandos Navais.

  Posteriormente o Decreto-Lei nº 8.181 de 19 de novembro de 1945 revogou os Decretos anteriores e em seu artigo 7º especificou que o 5º Distrito Naval, com jurisdição sobre os Estados do Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul, seria oportunamente instalado de acordo com as necessidades do país e a juízo do Ministro da Marinha. Por Aviso Ministerial nº 1.578 de 8 de agosto de 1946, o Ministro da Marinha mandou instalar o Comando do 5º Distrito Naval com sede na cidade de São Francisco do Sul, Santa Catarina, posteriormente transferido para a capital do mesmo estado, de acordo com o Decreto-Lei nº 9.586 de 16 de agosto de 1946.
  Foi o primeiro Comandante do 5º Distrito Naval o Exmº Sr. Contra-Almirante Ernesto de Araujo, tendo assumido o Comando a 25 de agosto de 1946 e tendo sido exonerado a 31 de outubro do mesmo ano pelo Decreto-Lei nº 2.197 daquela data.
  Nomeado Comandante do 5º Distrito Naval pelo Decreto nº 197 de 31 de outubro de 1946, coube ao Ilmo. Sr. Capitão-de-Mar-e-Guerra Antão Alvares Barata instalar e inaugurar os serviços do 5º Distrito Naval, cujo Comando passou a funcionar no edifício do IPASE, situado na Praça Pereira de Oliveira na cidade de Florianópolis, Santa Catarina, em 11 de junho de 1947.
  A 11 de junho de 1949 foi inaugurado na capital catarinense o Edifício do Comando do 5º Distrito Naval, quando era Comandante do Distrito o então Contra-Almirante Antão Alvares Barata. Ali permaneceu a sede do Comando até 8 de fevereiro de 1983.
  A 8 de fevereiro de 1983, sendo Comandante o Exmº Sr. Vice-Almirante Fernando Mendonça da Costa Freitas, foi transferida para a cidade do Rio Grande, no Estado do Rio Grande do Sul, o Comando do 5º Distrito Naval.
  Devido à profusão de dados gerou-se alguma incerteza quanto à data mais adequada à comemoração do aniversário do Distrito. A agenda do serviço de Relações Públicas da Marinha do ano de 1985 publicou as datas em que se comemoram os aniversários das diversas OM da Marinha. Ali menciona-se a data de 19 de novembro como data de aniversário do 5ºDN, bem como do 3º, 4º e 6º DN, e, entre parênteses, é citado o ano de 1945. Quer naturalmente o SRPM referir-se a data do Decreto-Lei nº 8.181 que mandou dividir o território nacional em Distritos Navais. Contudo o artigo 7º daquele Decreto-Lei ressalvou que o 5º DN seria instalado quando julgado conveniente pelo MM, o que veio a ocorrer em 08 de agosto de 1946 pelo Aviso nº 1578 do MM.
  Estruturando-se a RP no Comando do 5ºDN, mandou-se pesquisar o assunto. Contato estabelecido com o Serviço de Documentação Geral da Marinha possibilitou que aquele Serviço assessorasse o Comando do 5º DN. Pelo Ofício nº 1043 de 10 de dezembro de 1985 o SGDM sugeriu como data mais precisa para comemorar o aniversário do 5º DN a data de 08 de agosto.