Criado pelo Decreto nº 58.302 de 2 de maio de 1966, publicado no Diário Oficial de 4 de maio de 1966 e no Boletim do Ministério da Marinha nº 19 de 1966, com a denominação inicial de Organização de Apoio do Corpo de Fuzileiros Navais, foi instalado, inicialmente, na Rua do Acre nº 21, 8º e 9° andares, Centro, Rio de Janeiro. Em 24 de janeiro de 1971, pelo Decreto nº 69.287, teve sua denominação alterada para Comando de Apoio do Corpo de Fuzileiros Navais (CApCFN), e em 17 de janeiro de 1975, foi determinada sua transferência para o Arsenal Velho, localizado no Complexo Naval do 1º DN, de acordo com o Memorando nº 04, de 16 de janeiro de 1975, do Comando-Geral do CFN (CGCFN). A mudança do CApCFN para as atuais instalações, na Fortaleza de São José, na Ilha das Cobras, se deu em 1981, entre os dias 28 de janeiro e 27 de fevereiro. Em 1995, o Ministro da Marinha, em suas Orientações Ministeriais, reorganiza o setor CGCFN e determina a divisão do CApCFN em Comando do Pessoal de Fuzileiros Navais (CPesFN) e Comando do Material de Fuzileiros Navais. Assim, o CPesFN com sede na cidade do Rio de Janeiro, Estado do Rio de Janeiro, foi criado pela Portaria Ministerial nº 11, de 10 de janeiro de 1997 e ativado em 20 de março do mesmo ano, pela Ordem do Dia nº 02/97 do CGCFN. Suas atividades foram regulamentadas pela Portaria nº 89, de 21 de março de 1997, do Chefe do Estado-Maior da Armada e, posteriormente, alterada pela Portaria nº 38, de 13 de agosto de 1998, do CGCFN, sendo revogada pela Portaria nº 24, de 15 de maio de 2002, do CGCFN, que foi revogada pela Portaria nº 29, de 12 de março de 2012, do CGCFN.