O Comando do Grupamento de Patrulha Naval do Sul (originalmente designado “Comando do Grupamento Naval do Sul”) teve sua primeira sede na cidade do Rio de Janeiro – RJ, subordinado ao Comando do 1º Distrito Naval, de acordo com o aviso N° 2106 (reservado) de 08 de setembro de 1967. E quando da transferência de subordinação para o Comando do 5º Distrito Naval com sede na cidade de Rio Grande – RS, todos os livros e publicações pertencentes a esse Comando ficaram pertencendo ao Comando do Grupamento Naval do Leste, que ocupou as mesmas instalações, mobiliária, publicações, viaturas e outros bens que se fizessem necessários ao Comando do Grupamento Naval do Sul, de acordo com o MEMORANDO N° 0017 de 30 de setembro de 1983 do Comandante de Operações Navais.

Em 31 de janeiro de 1983 o Comando do Grupamento Naval do Sul passou a ser subordinado ao Comando do 5º Distrito Naval, com sede na cidade do Rio Grande- RS , de acordo com o decreto n ° 88.075, de 31 de janeiro de 1983.

Em 11 de junho de 1984, pela Ordem do Dia n ° 0004, de 11 de junho de 1984, do Comandante de Operações Navais, foi efetivada a sua subordinação ao Comando do 5º Distrito Naval, quando aqui chegaram as duas Corvetas (Imperial Marinheiro e Bahiana), trazendo a bordo da Corveta Imperial Marinheiro o Comandante do Grupamento Naval do Sul, o Capitão-de-Mar-e-Guerra Wladimir Pereira Carvalho.

Em 09 de julho de 1987, foi incorporado ao Comando do Grupamento Naval do Sul o Rebocador de Alto-Mar Tritão, que havia chegado à cidade do Rio Grande em 03 de julho de 1987 e passado à subordinação do Comando do 5º Distrito Naval em 06 de julho de 1987. O Rebocador de Alto-Mar Tritão foi incorporado à Marinha Brasileira em 19 de fevereiro de 1987.

Em 2006, por meio da Portaria nº 192 do Comandante da Marinha, teve seu nome alterado para Comando do Grupamento de Patrulha Naval do Sul.