Podemos afirmar que a relação entre a Marinha e a Amazônia remonta ao início do século XVII, quando as primeiras ações com características militares de natureza essencialmente naval são registradas pela história.
Na defesa do solo, o gentio, o misto de marinheiro e soldado improvisado, navegando com notável habilidade nos mais variados tipos de embarcações e portando suas armas primitivas, conduziu investidas contra as posições inimigas e conseguiu deter nas Guianas ambições estrangeiras sobre a região. Nessa época, dois fatos marcantes registram a presença naval na área: a viagem de Francisco Caldeira Castelo Branco a foz do Amazonas, em 1617, fundando a cidade de Santa Maria de Belém do Pará, polo irradiador de inúmeras expedições que, progressivamente, desbravaram o grande rio e seus afluentes; e a histórica expedição de Pedro Teixeira, em 1639, que fixou na foz do Javari nossa fronteira a oeste, conquistando para o domínio português a vasta bacia amazônica e lançando as bases do "uti-possidetis", conceito que derrubaria as limitações do tratado de Tordesilhas e fundamentaria, posteriormente, todos os tratados de demarcação das nossas fronteiras.
Mas, o verdadeiro embrião da Marinha do presente na Amazônia foi a criação, pelo Governador Geral e Capitão´Mor do Maranhão
e Grão Pará, Alexandre de Souza Freire, em 1728, da primeira Força-Naval aqui sediada e a fundação, em 1729, de um conjunto de oficinas para construção e reparo naval, a que se deu o nome de Casa das Canoas.
A partir de então, essa Força e seus órgãos de apoio, com diferentes configurações e denominações ao longo dos anos, asseguraram a presença da Marinha do Brasil na Amazônia, contribuindo para a consolidação de nossas fronteiras ao norte e a oeste e para a manutenção da nossa soberania na área.
Com toda essa herança histórica, o antigo Grupamento Naval do Norte foi criado em 1974, a partir do desdobramento da então Flotilha do Amazonas, que manteve o seu nome na nova Flotilha em Manaus, através do Aviso n° 373 do EMA publicado no Boletim n° 18/74/1178. No ano de 2006, em 18 de agosto o Comando da Marinha estabelece a nova denominação de Grupamento de Patrulha Naval do Norte.