A presença da Marinha do Brasil na Amazônia remonta ao ano de 1728, com a criação da Divisão Naval do Norte, sediada em Belém do Grão-Pará, de onde era exercido o controle do acesso de navios ao Rio Amazonas.

Em consequência da abertura da navegação do Rio Amazonas às nações amigas, em 1868, foi criada a Flotilha do Amazonas, em substituição à Divisão Naval do Norte, com o propósito de prover a proteção do litoral e das hidrovias. No ano de 1994, foi criado o Comando Naval da Amazônia Ocidental e em 3 de maio de 2005, a Marinha do Brasil ativa o Comando do 9º Distrito Naval. O mais novo Distrito Naval, comandado por um Vice-Almirante, passa a ser subordinado, diretamente, ao Comando de Operações Navais, no intuito de aumentar a eficácia operativa e administrativa, numa área de considerável destaque estratégico nacional.

Contando na sua estrutura com oito organizações militares diretamente subordinadas – Capitania Fluvial da Amazônia Ocidental, Comando da Flotilha do Amazonas, Estação Naval do Rio Negro, Batalhão de Operações Ribeirinhas, Depósito Naval de Manaus, Capitania Fluvial de Tabatinga, o 3º Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral e a Policlínica Naval de Manaus – o Comando do 9º Distrito Naval tem como principais tarefas a execução de Operações Ribeirinhas, utilizando-se dos seus meios navais, aeronavais e de fuzileiros navais, bem como, atividades de Patrulha e de Inspeção Naval, numa malha hidroviária com 21.000 km de extensão, onde trafegam cerca de 35.000 embarcações. Além disso, prossegue com o importante trabalho assistencial que a Marinha desenvolve na Amazônia, por meio das Atividades de Assistência Hospitalar (ASSHOP) e Cívico Sociais (ACISO), com seus navios-patrulha, de assistência hospitalar e embarcações das Capitanias Fluviais, Agências e Delegacia