O Comando de Operações Navais (ComOpNav), com sede na cidade do Rio de Janeiro, foi criado pelo Decreto 62.860, de 18 de junho de 1968, que estabeleceu a Estrutura Básica da Organização do Ministério da Marinha. Suas atividades foram
regulamentadas pelo Decreto 66.051, de 12 de janeiro de 1970, posteriormente alterado pelos Decretos 69.043, de 10 de agosto de 1971 e 77.672, de 24 de maio de 1976. O Decreto 81.599, de 25 de abril de 1978, revogou a regulamentação inicial e suas alterações e aprovou novo regulamento. Revogado este último pelo Decreto 92.271, de 7 de janeiro de 1986, o ComOpNav passou a ter suas atividades regulamentadas pela
Portaria 4, de 4 de fevereiro de 1986, do Chefe do Estado-Maior da Armada. Posteriormente, teve novos regulamentos aprovados pelas Portarias 3, de 14 de janeiro de 1993, 41, de 12 de fevereiro de 1996 e 431, de 19 de outubro de 1998, do Chefe do Estado-Maior da Armada. Em seguida, o ComOpNav passou a ter suas atividades e
organização estruturadas pelo Regulamento aprovado pela Portaria 3, de 14 de janeiro de 2004, do Chefe do Estado-Maior da Armada. Revogada esta última, o ComOpNav passou a ter suas atividades e organização estruturadas pelo Regulamento aprovado pela Portaria de 30 de junho de 2008, do Chefe do Estado-Maior da Armada.