A Tropa de Reforço (TrRef) foi criada em 1957, mas só foi ativada em 1963, no Campo da Ilha do Governador, tendo como primeiro Comandante o Capitão-de-Mar-e-Guerra (FN) LINALDO DA SILVA BARROS. Ao ser ativada, era constituída pelas Companhias de Comando e Serviços e de Reconhecimento e pela Bateria de Canhões Automáticos Antiaéreos.

Em 1971, comandado por Contra-Almirante, o Comando de Reforço, sua nova designação, foi transferido para o município de São Gonçalo, atual sede, ocupando as instalações do então Destacamento Especial da Ilha das Flores, origem do Batalhão Paissandu. Naquela oportunidade era constituído pelas seguintes Unidades: Batalhão de Comando do Comando de Reforço, formado pelas três Unidades anteriormente citadas; Batalhão de Engenharia; Batalhão de Manutenção e Abastecimento; Batalhão de Transporte Motorizado; e Batalhão de Operações Especiais (Batalhão Tonelero).

Em 22 de abril de 1981, o Comando de Reforço passou a chamar-se novamente Tropa de Reforço, mantendo a mesma estrutura anterior, que seria alterada em 1985, quando o Batalhão de Transporte Motorizado foi transformado no Batalhão de Viaturas Anfíbias, tendo em vista o recebimento dos carros lagarta anfíbios (CLAnf), e em 1995, quando o Batalhão Tonelero passou à subordinação da Força de Fuzileiros da Esquadra.

As modificações ocorridas não se limitaram à sua denominação. O recebimento de novos meios e a natural evolução doutrinária do CFN causaram alterações na organização e na missão das Unidades subordinadas.