Criado pelo Decreto Presidencial nº 01827 de 1º de março de 1996 e ativado a 4 de março, em decorrência de significativas alterações na estrutura da Esquadra, que, sob o Comando do Comandante-em-Chefe (ComemCh), constitui o núcleo principal das unidades navais e aeronavais da Marinha, o Comando da Força de Superfície (ComForSup) é a ela diretamente subordinado. À Força de Superfície, eram diretamente subordinados os seguintes Comandos:

Comando do 1º Esquadrão de Apoio (ComEsqdAp-1), tendo sob sua subordinação os Navios de Transporte de Tropas Classe Barroso Pereira, os Navios-Tanque Marajó e Almirante Gastão Motta; Comando do 1º Esquadrão de Contratorpedeiros (ComEsqdCT-1) , tendo sob sua subordinação os Contratorpedeiros Classe Pará; Comando do 1º Esquadrão de Corvetas (ComEsqdCV-1), tendo sob sua subordinação as Corvetas Classe Inhaúma; Comando do 1º Esquadrão de Fragatas (ComEsqdF-1), tendo sob sua subordinação as Fragatas Classe Niterói; Comando do 2º Esquadrão de Fragatas (ComEsqdF-2), tendo sob sua subordinação as Fragatas Classe Greenhalgh; Comando do 1º Esquadrão de Navios Anfíbios (ComEsqdNAnf-1), tendo sob sua subordinação os Navios de Desembarque-Doca Classe Ceará; e o Navio de Desembarque de Carros de Combate Mattoso Maia;
Navio Aeródromo Ligeiro Minas Gerais, Navio-Escola Brasil; e Navio-Veleiro Cisne Branco.

De acordo com o Decreto nº 3.682, de 6 de dezembro de 2000, que modificou a Estrutura Organizacional da Esquadra, os seguintes Comandos de Esquadrões foram criados, no lugar dos antigos Esquadrões extintos pelo mesmo Decreto, subordinados ao Comando da Força de Superfície. Esta nova estrutura foi ativada no dia 31 de janeiro de 2001, passando a ser diretamente subordinados à Força de Superfície os seguintes Comandos:

Comando do 1º Esquadrão de Escolta (ComEsqdE-1), tendo sob sua subordinação as Fragatas Classe Niterói. Comando do 2º Esquadrão de Escolta (ComEsqdE-2) , tendo sob sua subordinação as Fragatas Classe Greenhalgh, Corvetas Classe Inhaúma e Contratorpedeiros Classe Pará;

Comando do 1º Esquadrão de Apoio (ComEsqdAp-1), tendo sob sua subordinação os Navios Desembarque Doca Classe Ceará, Navio Desembarque de Carros de Combate Mattoso Maia, Navios Transporte de Tropas Classe Custódio de Mello, Navio-Tanque Marajó e Navio-Tanque almirante Gastão Motta; Navio Aeródromo Ligeiro Minas Gerais (Compare!), Navio Aeródromo São Paulo (Compare!), Navio-Escola Brasil; e Navio-Veleiro Cisne Branco.