A necessidade de preparar jovens para a Marinha, antes mesmo do ingresso na Escola Naval, data do século XIX. Buscava-se, então, incutir o gosto pelo mar e pelas coisas marinheiras, além de proporcionar uma sólida formação intelectual, moral e militar-naval. Para tanto, até o Colégio Naval dos nossos dias, muitos passos foram dados.

Assim é que, pelo Decreto nº 4679, de 17 de janeiro de 1871, foi estabelecido no Arsenal de Marinha da Corte, no Rio de Janeiro, um Externato, que consistia de um curso de um ano, para o ensino das matérias preparatórias do curso da Escola de Marinha. Em seguida, pela Lei nº 2670, de 20 de outubro, foi autorizado à criação do Colégio Naval, efetivada pelo Decreto nº 6440, de 28 de dezembro de 1876, assinado pela Princesa Isabel, então ocupando a Regência do Trono.

Assim o novo Colégio previa três anos de curso preparatório, em caráter de internato, suprimindo-se o Externato de Marinha. Sua inauguração ocorreu em fevereiro de 1877, com 58 Alunos precedentes de 14 províncias, instalando-se em prédio do Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro. Os docentes, escolhidos criteriosamente, eram oficiais que pertenciam ao Quadro do Magistério Naval.

Entretanto, a designação Colégio Naval teve breve existência. A elevada despesa que acarretava, o baixo índice de procura, a rígida rotina diária, que a muitos afugentava, conduziram a sua extinção. Desse modo, em 26 de junho de 1886, pelo Decreto nº 9611, reuniu-se em um só estabelecimento a Escola de Marinha e o Colégio Naval, sob a denominação de Escola Naval, onde se estabeleceram os seguintes cursos: o Curso Preparatório (três anos), o Curso Superior (três anos) e o Curso de Náutica (em duas séries, para civis).

Desaparecera o Colégio Naval, primeiro educandário militar de nível médio no Brasil, mas não morrera a idéia. No início do século XX, o General Honório de Souza Lima, ilustre filho de Angra dos Reis, usando seu prestígio junto ao Presidente Hermes da Fonseca, convenceu-o a aceitar a doação de extenso terreno que a Câmara de Vereadores de Angra dos Reis fazia à Marinha, destinada à edificação de uma escola militar.

Assim em 1911, teve início a obra que resultou no atual Colégio Naval, cujo, encarregado da empreitada foi o Capitão Rosalvo Mariano da Silva, idealizador do projeto arquitetônico. O local escolhido foi a Enseada da Tapera, logo denominada Enseada Batista das Neves, em Angra dos Reis. Em 1914, terminada a construção, tão imponente ficara o prédio que o então Ministro da Marinha, Almirante Alexandrino de Alencar, aproveitou para aí fixar a Escola Naval, onde funcionou até 1920. A partir desse ano, tendo a Escola Naval voltado ao Rio de Janeiro, passou a funcionar naquele local a Escola de Grumetes Almirante Batista das Neves, onde permaneceu até 1949.

Finalmente, a 25 de fevereiro de 1949, foi criado o atual Colégio Naval, instituição de ensino que tem como propósito preparar jovens para constituir o Corpo de Aspirantes da Escola Naval, onde é formada a oficialidade da Marinha do Brasil. O Aluno ingressa mediante concurso público e, no período que passa no Colégio, recebe os ensinamentos do Ensino de Segundo Grau, acrescidos de instrução militar-naval especializada, ministrados por seleto corpo de Professores e Oficiais. Alia-se a este aprendizado acadêmico e militar a intensa prática desportiva, que visa aprimorar a condição física dos Alunos.
Em abril de 1951, as primeiras turmas iniciavam o ano escolar, em caráter precário na Escola Naval. A transferência do Corpo de Alunos para Angra dos Reis transcorreu em memorável viagem, em 10 de agosto de 1951, a bordo de dois Contra Torpedeiros. Em 15 de agosto, foram solenemente inauguradas as atividades de ensino em Angra dos Reis, com 326 alunos integrando as turmas do 1° e 2° anos.

O Estandarte do Colégio Naval foi aprovado pela portaria nº 1118, de 11 de julho de 1984 pelo então.
Ministro da Marinha Almirante-de-Esquadra Alfredo Karam. Ele consiste de um campo retangular de seda prateada de 1.20m x 1.00m, debruado com torçal de azul e prata, encimado por ponta de lança, de prata, e guarnecido por duas fitas, de azul e prata, franjadas de ouro, contendo a inscrição "Colégio Naval", de ouro, numa delas, ambas pendentes de roseta azul e prata. A prata do Estandarte evoca a Marinha em seu metal clássico e o conjunto heráldico constante do mesmo, o distintivo do Colégio Naval, a ele se reporta.

Esse é o nosso Colégio Naval que atingiu a maturidade sem envelhecer, pois a cada ano que passa e em cada turma que se forma, se renova pleno de entusiasmo por acolher imberbes jovens, que em curto prazo se transformarão em Oficiais da Marinha e serão o orgulho da Nação.