Originário do Depósito Secundário da Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia (BAeNSPA), criado, em maio de 1966, para estocagem e fornecimento de material de diversas categorias, principalmente, sobressalentes de aviação, o então Depósito Naval de São Pedro da Aldeia (DepNavSPA) foi instituído pela Portaria nº 0285, de maio de 1995, do Ministro da Marinha, e ativado em 14 de dezembro do mesmo ano.

Aquele Depósito Secundário possuía uma área de armazenagem restrita a um pequeno paiol climatizado, outro de material comum e um depósito especial alfandegado. Por ocasião da ativação do DepNavSPA, foram adicionados, às instalações originais, o posto de combustíveis, o paiol de lubrificantes e graxas e o posto de distribuição de uniformes (PDU).

A crescente demanda de atividades levou à ampliação das instalações do Depósito em 1996, passando a contar com adequadas áreas de armazenagem, ficando dividida, esta última, da seguinte forma:

• paiol climatizado, onde são armazenados cerca de 20.000 itens sobressalentes de aviação, que necessitam estar sob controle de temperatura e umidade;

• paiol de armazenagem a grosso, utilizado para guarda dos itens de aviação de maior volume e peso; e

• depósito especial, consistindo de uma área cedida às empresas Westland e Eurocopter, que operam em regime aduaneiro atípico, permitindo a estocagem de itens de suprimento para manutenção de equipamentos estrangeiros, nacionalizados ou não, empregados nas aeronaves operadas pela Marinha do Brasil (MB), tornando mais ágil o apoio prestado aos nossos meios.

A mais recente ampliação das instalações do DepNavSPA ocorreu em 12 de maio de 1999, com a criação de um novo paiol de armazenagem. Com cerca de 470 metros quadrados e 3.000 itens, destina-se à guarda de sobressalentes das aeronaves do 1º Esquadrão de Aviões de Interceptação e Ataque (EsqdVF-1).

A alteração de denominação do DepNavSPA para Centro de Intendência da Marinha em São Pedro da Aldeia (CeIMSPA) ocorreu por meio da Portaria nº 121/MB, de 11 de abril de 2011, do Comando da Marinha, passando a ter o propósito de contribuir para a prontidão dos meios navais, aeronavais e de fuzileiros navais, sediados ou em trânsito, bem como dos estabelecimentos de terra apoiados.

O CeIMSPA desempenha papel importante no provimento da logística necessária à condução das atividades das Organizações Militares situadas no Complexo Aeronaval de São Pedro da Aldeia, sejam elas operativas ou administrativas. Para tal, executa as tarefas de armazenagem, controle de estoque, contabilidade do material, fornecimento, tráfego de carga, operação do PDU, obtenção centralizada, execução financeira centralizada e ligação da MB com o Depósito Especial.

O então DepNavSPA teve como primeiro Diretor o Capitão-de-Fragata (IM) José Ricardo Campos Vieira. O atual Diretor do CeIMSPA é o Capitão-de-Fragata (IM) Luis Gustavo Simões Vagos.