O Centro de Intendência da Marinha em Salvador é proveniente da alteração de denominação do Depósito Naval de Salvador, por meio da Portaria do Comandante da Marinha nº 121 de 11 de abril de 2011 que alterou a portaria Ministerial nº 0285 de12 de maio de 1995. O DepNavSa foi originado do Depósito Regional da Marinha na Bahia (DEPRMB), ativado em 01 de dezembro de 1981, foi a primeira Organização Militar típica de Intendência situada fora do Rio de Janeiro.O DEPRMB, que apresentou como legado, todo um passado onde contribuir para a prontificação e a manutenção dos meios navais era um propósito perseguido com entusiasmo e garra, teve por sua vez origem no Depósito Secundário de Aratu, que, desde 25 de janeiro de 1972, funcionava em nível de Departamento da Base Naval de Aratu.Nestes anos de existência, o Centro de Intendência da Marinha em Salvador ampliou suas atribuições, deixando de ser um órgão voltado unicamente para atividades de Abastecimento e passando a direcionar também seus esforços para Centralização Financeira, Centralização da Obtenção e Pagamento de Pessoal.