O Centro de Intendência da Marinha em Salvador é proveniente da alteração de denominação do Depósito Naval de Salvador, por meio da Portaria do Comandante da Marinha nº 121 de 11 de abril de 2011 que alterou a portaria Ministerial nº 0285 de12 de maio de 1995. O DepNavSa foi originado do Depósito Regional da Marinha na Bahia (DEPRMB), ativado em 01 de dezembro de 1981, foi a primeira Organização Militar típica de Intendência situada fora do Rio de Janeiro.

O DEPRMB, que apresentou como legado, todo um passado onde contribuir para a prontificação e a manutenção dos meios navais era um propósito perseguido com entusiasmo e garra, teve por sua vez origem no Depósito Secundário de Aratu, que, desde 25 de janeiro de 1972, funcionava em nível de Departamento da Base Naval de Aratu.

Nestes anos de existência, o Centro de Intendência da Marinha em Salvador ampliou suas atribuições, deixando de ser um órgão voltado unicamente para atividades de Abastecimento e passando a direcionar também seus esforços para Centralização Financeira, Centralização da Obtenção e Pagamento de Pessoal.