O Centro de Eletrônica da Marinha (CETM), com sede na cidade do Rio de Janeiro – RJ, foi criado pelo Decreto n° 75.545, de 1° de abril de 1975. Suas atividades foram regulamentadas pelo Decreto nº 75.546, de 1° de abril de 1975. Revogado pelo Decreto no 94.137, de 24 de março de 1987, passou a ter sua organização e atividades em conformidade com Regulamento aprovado pela Portaria no 005, de 25 de março de 1987,posteriormente alterado pelas Portarias nº0014, de 15 de maio de 1991 e nº 0143, de 24 de julho de 1995, ambas do Chefe do Estado-Maior da Armada. Revogadas pela Portaria nº 0374, de 23 de dezembro de 1996, do Chefe do Estado-Maior da Armada, passou a ter sua organização e atividades em conformidade com Regulamento aprovado pela Portaria n° 0173, de 26 de dezembro de 1996, do Diretor-Geral do Material da Marinha. Em 09 de abril de 1999, um novo Regulamento foi aprovado pela Portaria no 029. Revogada esta última, o CETM passa a ter sua organização e atividades em conformidade com este Regulamento, aprovado pela Portaria nº 79/2002, do Diretor-Geral do Material da Marinha.
De acordo com o BONO n° 278 de 03 de Maio de 2010, a denominação desta OM foi alterada para Centro de Manutenção de Sistemas da Marinha (CMS).