O antigo Escritório Técnico de Construção Naval, criada pelo Aviso do Exmº. Srº Ministro da Marinha nº 2814 de 27 de agosto de 1956, tendo sido determinado o seu funcionamento a partir de 1º de novembro de 1956, após o Convênico celebrado, em 8 de maio de 1956, entre o Ministério da Marinha e a Universidade de São Paulo.

O Centro de Coordenação de Estudos da Marinha em São Paulo (CCEMSP), com sede em São Paulo - SP, foi criado sob a denominação de Escritório Técnico de Construção Naval em São Paulo (ETCNSP), pelo Aviso no 2814, de 27 de agosto de 1956. A atual denominação funcional do Centro de Coordenação de Estudos da Marinha em São Paulo foi estabelecida pela Portaria Ministerial no 0467, de 11 de setembro de 1995. Suas atividades foram regulamentadas pela Portaria Ministerial no 0876, de 12 de junho de 1980, alterada pela Portaria Ministerial no 0111, de 30 de janeiro de 1986 e, posteriormente alterada pela Portaria nº 03 de 19 de janeiro de 1998 do Comando de Operações Navais. Revogada essa última, passa a ter suas atividades e organização estruturada pelo presente Regulamento, aprovado pela Portaria no 12 de 21 de fevereiro de 2003, do Comandante de Operações Navais.