Com sede na cidade do Rio de Janeiro, RJ, criado em dia 5 de outubro de 2012, pela Portaria Ministerial nº 509, de 29 de outubro de 2012. O CCIMAR sucede, por transferência de subordinação, a Diretoria de Contas da Marinha, criada pela Portaria Ministerial nº 246, de 25 de setembro de 1998, que sucedeu por transformação, o Serviço de Auditoria da Marinha (SAMA), criado pelo Decreto nº 74.044, de 10 maio de 1974. Sua organização e atividades estão estruturadas e regidas por este Regulamento aprovado pela Portaria nº 509/MB, de Outubro de 2012. Atualmente está situada no andar térreo do Edifício Almirante Gastão Motta.