A historia da Marinha em Barra Bonita iniciou-se em 26 de março de 1973, com a assinatura do decreto nº 71.991 pelo então Presidente da República Emílio Garrastazu Médici, e consolidou-se com a instalação da Agência da Capitania dos Portos do Estado de São Paulo em 16 de março de 1980.

Em prédio cedido pela Prefeitura, localizado à rua 14 de dezembro nº 900. Posteriormente, em 22 de março de 1985, foram inauguradas as novas instalações da Agência, situadas na Avenida Pedro Ometto nº 804, em terreno doado pelo Município, que também colaborou efetivamente para a sua construção.

A Portaria Ministerial nº 0845 de 27 de dezembro de 1994 formalizou a criação da nova Capitania de 2ª classe, ativada no dia 18 de dezembro de 1995, denominada Capitania Fluvial do Tietê-Paraná (CFTP), que utiliza as instalações da antiga Agência, adaptadas para atender às exigências da nova OM.