A Capitania Fluvial do Rio Paraná (CFRP), com sede na cidade de Foz do Iguaçu, Estado do Paraná, teve como sua precursora a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Paraná, criada de acordo com o art. 43 da lei 4.793, de 07 de janeiro de 1924. A Delegacia foi instalada em Foz do Iguaçu em 06 de março de 1933.
Em 20 de novembro de 1940, foi elevada à condição de Capitania de Terceira Classe, com o nome de Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná com sede em Foz do Iguaçu, Estado do Paraná, pelo Decreto nº 6.530 (Bol. MM nº 50/1940), exercendo jurisdição sobre o curso do Rio Paraná em toda a sua extensão, sobre o curso do Rio Grande compreendido desde a Cachoeira do Marimbondo até a confluência com o Paraná, e sobre todos os afluentes navegáveis dos Rios Grande e Paraná, nos trechos considerados, com exceção do rio Tietê que fica limitado em Barra Bonita. Pela Portaria nº 1.612, de 16 de novembro de 1977, do Exmo. Sr. Ministro da Marinha, a CFRP foi reclassificada para Capitania de Terceira Classe.
De acordo com o art. 10 do Decreto nº 81.105, de 21 de dezembro de 1977, que aprovou o Regulamento para as Capitanias dos Portos, passou a ser subordinada ao Comando do Quinto Distrito Naval, ficando a supervisão funcional, a cargo da Diretoria de Portos e Costas.
Pelo Decreto nº 81.591, de 20 de abril de 1978, a Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná, passou a denominar-se Capitania dos Portos do Rio Paraná, exercendo jurisdição, de acordo com a Portaria nº 1.874, de 04 de dezembro de 1978, do Sr. Ministro da Marinha, sobre o Estado do Paraná, entre o alinhamento estabelecido pelas cidades de Ribeira, Curitiba e Rio Negrinho e o Rio Paraná.
De acordo com o art. 10 do Decreto nº 81.105, de 21 de dezembro de 1977, que aprovou o Regulamento para as Capitanias dos Portos, passou a ser subordinada ao Comando do Quinto Distrito Naval, ficando a supervisão funcional, a cargo da Diretoria de Portos e Costas.
Pelo Decreto nº 81.591, de 20 de abril de 1978, a Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná, passou a denominar-se Capitania dos Portos do Rio Paraná, exercendo jurisdição, de acordo com a Portaria nº 1.874, de 04 de dezembro de 1978, do Sr. Ministro da Marinha, sobre o Estado do Paraná, entre o alinhamento estabelecido pelas cidades de Ribeira, Curitiba e Rio Negrinho e o Rio Paraná.
Em 11 de abril de 1983, foi extinta a Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná, pelo Decreto nº 88.224. Logo em seguida, pela Portaria nº 0615 de 14 de abril de 1983, do Sr. Ministro da Marinha, foi criada a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Paraná em Foz do Iguaçu.
A Portaria nº 0976, de 21 de outubro de 1986, do Ministro da Marinha, extinguiu a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Paraná em Foz do Iguaçu e, simultaneamente, criou a Capitania Fluvial do Rio Paraná em Foz do Iguaçu, como Capitania de Segunda Classe. Finalmente, voltou à denominação de Capitania Fluvial do Rio Paraná, pela Portaria nº 0843 de 27 de dezembro de 1994, do Ministro da Marinha.
A CFRP possui sob sua subordinação a Delegacia Fluvial de Guaíra (DelGuaíra), que teve como origem a Agência da Capitania dos Portos do Rio Paraná, criada pelo Decreto nº 5.765-A, de 1º de agosto de 1930.
A Portaria nº 21, de 1º de abril de 2003, do ComOpNav, fixou as áreas de jurisdição da CFRP e DelGuaíra.
Na data de 07 de janeiro de cada ano realiza-se, no âmbito interno da CFRP, a “Solenidade de Comemoração da Criação da Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Paraná em Foz do Iguaçu, precursora da atual Capitania Fluvial do Rio Paraná”.

Na data de 20 de novembro comemora-se o aniversário da CFRP.
  De acordo com o Decreto nº 8.635, de 12 de janeiro de 2016, o Estado do Paraná deixou de pertencer à jurisdição do 5º Distrito Naval, passando para a jurisdição do 8º Distrito Naval. Em consequência, conforme disposto na Portaria nº 97/MB, de 14 de março de 2016, a Capitania dos Portos do Paraná (CPPR) e a Capitania Fluvial do Rio Paraná (CFRP) passaram à subordinação do Comando do 8º Distrito Naval.