O decreto nº 358, de 14/08/1945, autorizou o governo a estabelecer uma " Capitania do Porto " em cada Província Marítima do Império, com as atribuições específicas de Polícia Naval, conservação do porto, inspeção e administração dos faróis, balizamento, matrícula de gente do mar, tráfego de embarcações, praticagem, etc.
A Capitania dos Portos do Estado do Mato Grosso foi criada pelo Decreto Imperial nº 2762, de 16 de março de 1861, sendo extinta seis anos após devido aos conflitos na região , durante a Guerra do Paraguai, sendo restabelecida em 1873. Inicialmente, a CPMT funcionou anexa a Inspetoria do Arsenal da Marinha de Ladário. Após o ano de 1907, a Capitania passou a ter como sede a cidade de Corumbá, instalando-se, no seu endereço atual, a partir de 1945.
Em 1919, foram criadas as agência de Cuiabá, Cáceres e Porto Murtinho, pela Portaria nº 0621/83, do Exmoº Sr. Ministro da Marinha. A Capitania dos Porto de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul foi Classificada como de 2ª classe.
Em 1997, a CPMTMS passou a se denominada "Capitania Fluvial do Pantanal".
A Portaria nº 0021/2000 do CON aprovou o estabelecimento das atuais áreas de jurisdição da CFPN e de suas Agências.