A então Delegacia de Tabatinga, criada em 26 de novembro de 1969, pelo Decreto nº 65.749, teve suas instalações inauguradas em 26 de outubro de 1982. Em 2002, foi elevada à condição de Capitania, passando a ser designada como Capitania Fluvial de Tabatinga (CFT).Portaria Nº 20/MB, de 29 de Janeiro de 2002

Eleva a Delegacia Fluvial de Tabatinga à categoria de Capitania de 2ª classe, altera sua denominação e subordinação, e da outras providências.
O Comandante da Marinha, no uso das atribuições que lhe conferem o art. 87, parágrafo único, inciso IV, da Constituição, de acordo com o art. 7º, inciso IV, do Decreto nº 967, de 29 de Outubro de 1993, resolve:

Art. 1º Elevar a Delegacia Fluvial de Tabatinga à categoria de Capitania de 2ª classe, com a denominação de Capitania Fluvial de Tabatinga (CFT), subordiná-la ao Comando Naval da Amazônia Ocidental, e incluí-la na relação do art. 1º da Portaria Ministerial nº 275, de 19 de Setembro de 1997, que classifica a Capitania dos Portos, Delegacia e Estações Rádio da Marinha.

O art. 2º O Comandante de Operações Navais e o Diretor-Geral de Navegação, nos exercícios das respectivas atribuições, baixaram os atos complementares que se fizerem necessários à execução desta Portaria.

Art. 3º Esta Portaria entra em vigor na presente data.
A área de jurisdição da Capitania, situada na meso-região do Alto Solimões e inserida no contexto da tríplice fronteira Brasil-Colômbia-Peru, abrange os municípios de Amaturá, Atalaia do Norte, Benjamin Constant, Jutaí, Santo Antônio do Içá, São Paulo de Olivença, Tabatinga e Tonantins, estendendo-se por mais de 200.000 km2 e comportando cerca de 1.700 milhas navegáveis nas calhas dos principais rios da região: Solimões, Javari, Içá, Jutaí, Jandiatuba e Ituí, ao longo dos quais a Capitania é legalmente responsável pela segurança da navegação, prevenção da poluição hídrica e salvaguarda da vida humana.
As hidrovias são as verdadeiras estradas na região do Alto Solimões, daí advém a significativa responsabilidade que repousa sobre a Capitania Fluvial de Tabatinga. Diuturnamente, empreende ações de inspeção naval, com a finalidade de fiscalizar e estimular o cumprimento das Normas da Autoridade Marítima.