A Delegacia Fluvial de Santarém foi criada pelo Decreto nº 3334 de 05 de julho de 1899, juntamente com a Capitania dos Portos do Estado do Pará e a Delegacia de Gurupá, em conformidade com os artigos 20 e 78 do retrocitado Decreto. Originalmente a Delegacia de Santarém possuía as Capatazias de Faro, Óbidos, Xingu, Alenquer e Prainha. A Circular nº 1345 de 31/08/1899, suspendeu o regulamento aprovado pelo Decreto supracitado impedindo a implantação da Delegacia. Pelo Decreto de nº 12.886 de 20/02/1918 foi criada a Delegacia em Santarém e depois transformada em Agência pelo Decreto nº 13.495 de 12/03/1919. Pelo Decreto nº 83.570 de 20/06/79 foi finalmente criada a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Pará e do Território Federal do Amapá em Santarém e extinta a então Agência de Santarém. A Portaria do Ministro da Marinha nº 0621 de 14/04/83, classificou a Delegacia como de 2ª classe. A Portaria nº 1256 de 03/08/84 fixou a área de jurisdição da Delegacia sobre os municípios de Alenquer, Altamira, Aveiros, Itaituba, Monte Alegre, Prainha e os rios limítrofes na área de sua jurisdição com os estados do Amazonas e Mato Grosso.

Atualmente sua área de jurisdição abrange os municípios de Alenquer, Aveiro, Brasil Novo, Curuá, Faro, Itaituba, Jacareacanga, Juruti, Medicilândia, Monte Alegre, Novo Progresso, Óbidos, Oriximiná, Placas, Prainha, Rurópolis, Santarém, Terra Santa, Trairão e Uruará. A Delegacia está localizada na cidade de Santarém, a qual apresenta os seguintes dados geográficos: limita-se com os municípios de Juruti, Óbidos, Alenquer, Monte Alegre, Prainha, Itaituba e Aveiros.
A Delegacia de Santarém não tem em seus registros a data em começou efetivamente a funcionar. Apesar de criada pelo Decreto nº 3334 de 05/07/1899, a Circular nº 1345 de 03/08/1899 suspendeu o Regulamento para as Capitania dos Portos aprovado pelo Decreto retrocitado, impedindo assim a sua implantação e conseqüente funcionamento. Novamente veio a ser criada, a Delegacia em 1918, tendo funcionado como tal, por razões de despesas, apenas um ano, sendo transformada em Agência em 1919. Como se observa houve sempre a preocupação da administração naval, no sentido de que Santarém fosse uma Delegacia, considerando evidentemente sua posição estratégica e o movimento de embarcações que, àquela época, já se descortinava. Assim, permaneceu como Agência desde 12/03/1919 até 19/05/1986, quando foi ativada a Delegacia de Santarém, com a inauguração das nas novas instalações na avenida Tapajós, 1937, bairro Aldeia, Santarém-Pará.